RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-215	ENST00000478473	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	32.23	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		32.23	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	32.19	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		32.19	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	TXNRD1	Q16881	649 aa		32.18	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		32.18	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		32.18	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	BTAF1	O14981	1849 aa		32.14	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		32.14	■■■□□ 2.74
C9orf3-215	ENST00000478473	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		32.12	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	EYA1	Q99502	592 aa		32.12	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	32.12	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	32.11	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		32.09	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		32.09	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		32.09	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	32.08	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	32.08	■■■□□ 2.73
C9orf3-215	ENST00000478473	MORC1	Q86VD1	984 aa		32.07	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		32.06	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	32.06	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	PAPPA	Q13219	1627 aa		32.05	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	CYP27B1	O15528	508 aa		32.04	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		32.04	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		32.03	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	SLC15A2	Q16348	729 aa		32.02	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	CASZ1	Q86V15	1759 aa		32.02	■■■□□ 2.72
C9orf3-215	ENST00000478473	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		32.01	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		32.01	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		32	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	STK32B	Q9NY57	414 aa		32	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	SPG7	Q9UQ90	795 aa		31.99	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	LY75	O60449	1722 aa		31.97	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	31.97	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	SPON1	Q9HCB6	807 aa		31.95	■■■□□ 2.71
C9orf3-215	ENST00000478473	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		31.92	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	AKT1S1	Q96B36	256 aa		31.91	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	31.91	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	KDR	P35968	1356 aa		31.9	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	PHKG2	P15735	406 aa		31.89	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	IL13	P35225	146 aa		31.89	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		31.89	■■■□□ 2.7
C9orf3-215	ENST00000478473	ZNF827	Q17R98	1081 aa		31.88	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	MTHFS	P49914	203 aa		31.86	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		31.86	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	ITGB4	P16144	1822 aa		31.85	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	31.83	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		31.83	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	31.83	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		31.83	■■■□□ 2.69
C9orf3-215	ENST00000478473	PIGB	Q92521	554 aa		31.82	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	31.82	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	PTGER2	P43116	358 aa		31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	MTFR1L	Q9H019	292 aa		31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	PALLD	Q8WX93	1383 aa		31.81	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		31.8	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	ZBTB7A	O95365	584 aa		31.79	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	KCNQ4	P56696	695 aa		31.79	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		31.78	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		31.78	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	31.77	■■■□□ 2.68
C9orf3-215	ENST00000478473	DCAF5	Q96JK2	942 aa		31.76	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		31.75	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		31.75	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		31.74	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	31.73	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		31.72	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	31.72	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	31.72	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		31.72	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		31.72	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	C5	P01031	1676 aa		31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-215	ENST00000478473	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		31.68	■■■□□ 2.66
C9orf3-215	ENST00000478473	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		31.67	■■■□□ 2.66
C9orf3-215	ENST00000478473	SIK1	P57059	783 aa		31.67	■■■□□ 2.66
C9orf3-215	ENST00000478473	ATG3	Q9NT62	314 aa		31.67	■■■□□ 2.66
C9orf3-215	ENST00000478473	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		31.64	■■■□□ 2.66
C9orf3-215	ENST00000478473	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		31.64	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	C4B	P0C0L5	1744 aa		31.63	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		31.63	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		31.62	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	31.62	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	MAP3K5	Q99683	1374 aa		31.62	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	HMOX1	P09601	288 aa		31.6	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	CABP4	P57796	275 aa		31.59	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	ARX	Q96QS3	562 aa		31.59	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	ITPK1	Q13572	414 aa		31.58	■■■□□ 2.65
C9orf3-215	ENST00000478473	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		31.58	■■■□□ 2.65

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