RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		20.23	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	KCNQ2	O43526	872 aa		20.23	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	LRP5	O75197	1615 aa		20.23	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	NSD2	O96028	1365 aa		20.22	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		20.22	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	20.22	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	20.22	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	20.21	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	POLK	Q9UBT6	870 aa		20.21	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	PROM2	Q8N271	834 aa		20.19	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	20.19	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	20.19	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	20.18	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		20.18	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		20.18	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	NCAPD2	Q15021	1401 aa		20.17	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		20.16	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	PLSCR1	O15162	318 aa		20.16	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	NBPF14	Q5TI25	921 aa		20.16	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	20.16	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	CASZ1	Q86V15	1759 aa		20.15	■□□□□ 0.82
SSR4-208	ENST00000471880	ITGB4	P16144	1822 aa		20.14	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PAPPA	Q13219	1627 aa		20.14	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	20.14	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	20.13	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	LY75	O60449	1722 aa		20.13	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	EYA1	Q99502	592 aa		20.12	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		20.11	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		20.11	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	TXNRD1	Q16881	649 aa		20.11	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		20.11	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	20.1	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	20.09	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	SPG7	Q9UQ90	795 aa		20.09	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	20.08	■□□□□ 0.81
SSR4-208	ENST00000471880	MTHFS	P49914	203 aa		20.06	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	CYP27B1	O15528	508 aa		20.05	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		20.05	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	STK32B	Q9NY57	414 aa		20.04	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		20.03	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		20.03	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		20.02	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	KCNQ4	P56696	695 aa		20.02	■□□□□ 0.8
SSR4-208	ENST00000471880	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		20.02	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		20.01	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		20.01	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF827	Q17R98	1081 aa		20	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	19.99	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	19.99	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		19.99	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	C5	P01031	1676 aa		19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	HMOX1	P09601	288 aa		19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	IL13	P35225	146 aa		19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	SLC15A2	Q16348	729 aa		19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	19.98	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		19.97	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	PHKG2	P15735	406 aa		19.97	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	19.96	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	19.96	■□□□□ 0.79
SSR4-208	ENST00000471880	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		19.95	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		19.95	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	19.94	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		19.94	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		19.94	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	CFAP53	Q96M91	514 aa		19.94	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	19.94	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		19.93	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	ZBTB7A	O95365	584 aa		19.93	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	AKT1S1	Q96B36	256 aa		19.93	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	19.92	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	SPON1	Q9HCB6	807 aa		19.92	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	PALLD	Q8WX93	1383 aa		19.92	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		19.91	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	19.91	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	PIGB	Q92521	554 aa		19.91	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	MSH5	O43196	834 aa		19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	PTGER2	P43116	358 aa		19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	KDR	P35968	1356 aa		19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		19.9	■□□□□ 0.78
SSR4-208	ENST00000471880	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	19.89	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	PPP2R1A	P30153	589 aa		19.89	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	19.89	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	19.89	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	C4B	P0C0L5	1744 aa		19.88	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	CABP4	P57796	275 aa		19.88	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	DCAF5	Q96JK2	942 aa		19.88	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		19.87	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		19.87	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	19.87	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		19.87	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		19.86	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	NUDC	Q9Y266	331 aa		19.86	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	19.85	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		19.84	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		19.84	■□□□□ 0.77
SSR4-208	ENST00000471880	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	19.83	■□□□□ 0.77

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