RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-211ENST00000467464 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP16.62■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP16.62■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP16.61■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 LRRC4BQ9NT99 713 aa16.61■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 CGNL1Q0VF96 1302 aa16.61■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 BTAF1O14981 1849 aa16.61■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 SLC15A2Q16348 729 aa16.6■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 SPON1Q9HCB6 807 aa16.6■□□□□ 0.25
PTPRF-211ENST00000467464 POLKQ9UBT6 870 aa16.58■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 DOT1LQ8TEK3 1739 aa16.57■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 WASHC2AQ641Q2 1341 aa16.57■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PRIM1P49642 420 aaKnown RBP16.57■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 ZNF827Q17R98 1081 aa16.57■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 STK32BQ9NY57 414 aa16.57■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PTGER2P43116 358 aa16.56■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 ZBTB7AO95365 584 aa16.55■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa16.55■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 POLR3GLQ9BT43 218 aa16.55■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PANK3Q9H999 370 aa16.55■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 CYP27B1O15528 508 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 TATP17735 454 aaPredicted RBP16.54■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 AKT1S1Q96B36 256 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 SGIP1Q9BQI5 828 aa16.54■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 SLC27A3Q5K4L6 730 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 EYA1Q99502 592 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PKD1L3Q7Z443 1732 aa16.53■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP16.52■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 KCNQ4P56696 695 aa16.52■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP16.52■□□□□ 0.24
PTPRF-211ENST00000467464 LY75O60449 1722 aa16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 MTFR1LQ9H019 292 aa16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 PPP1R1BQ9UD71 204 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa16.5■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP16.49■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 KIF7Q2M1P5 1343 aa16.48■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP16.48■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa16.47■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 IGSF1Q8N6C5 1336 aa16.46■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP16.46■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa16.46■□□□□ 0.23
PTPRF-211ENST00000467464 QSER1Q2KHR3 1735 aa16.45■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP16.45■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP16.45■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 PALLDQ8WX93 1383 aa16.45■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP16.44■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa16.43■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 PHKG2P15735 406 aa16.43■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 PIGBQ92521 554 aa16.43■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP16.43■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 SPG7Q9UQ90 795 aa16.43■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 COL24A1Q17RW2 1714 aa16.42■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 MAP3K5Q99683 1374 aa16.42■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa16.42■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa16.42■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 PER1O15534 1290 aaPredicted RBP16.41■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 MORC1Q86VD1 984 aa16.41■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 SLC16A10Q8TF71 515 aa16.41■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 SYT17Q9BSW7 474 aa16.41■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 KNSTRNQ9Y448 316 aa16.41■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 ARXQ96QS3 562 aa16.4■□□□□ 0.22
PTPRF-211ENST00000467464 AEBP1Q8IUX7 1158 aa16.39■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 IFNL2Q8IZJ0 200 aa16.39■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 C5P01031 1676 aa16.39■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 AMIGO3Q86WK7 504 aa16.38■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP16.38■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 KDRP35968 1356 aa16.38■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP16.37■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 IL13P35225 146 aa16.37■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP16.37■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 ITGB4P16144 1822 aa16.37■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 UTRNP46939 3433 aa16.36■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 ASAP1Q9ULH1 1129 aa16.36■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 TMOD3Q9NYL9 352 aa16.35■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 C4BP0C0L5 1744 aa16.35■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 SIK1P57059 783 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 LINC00116Q8NCU8 138 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 ATG3Q9NT62 314 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa16.34■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 TAF1LQ8IZX4 1826 aa16.33■□□□□ 0.21
PTPRF-211ENST00000467464 ITPK1Q13572 414 aa16.33■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 ERVV-2B6SEH9 535 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 YY1P25490 414 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 MTHFSP49914 203 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 AMOTQ4VCS5 1084 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 SULT6B1Q6IMI4 303 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 SMIM5Q71RC9 77 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 DCAF5Q96JK2 942 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 SLC4A9Q96Q91 983 aa16.32■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 KAT6BQ8WYB5 2073 aa16.31■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP16.31■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 POLD1P28340 1107 aa16.31■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 MSL1Q68DK7 614 aa16.31■□□□□ 0.2
PTPRF-211ENST00000467464 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP16.3■□□□□ 0.2
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