RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000395653.9

CLN3-207, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-207ENST00000395653 ACTR1AP61163 376 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 TMEM115Q12893 351 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 KCNJ11Q14654 390 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 KCTD19Q17RG1 926 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 SLC30A9Q6PML9 568 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 DHRS13Q6UX07 377 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 CHST15Q7LFX5 561 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 SLCO2A1Q92959 643 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 TTC25Q96NG3 672 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 SPATS2LQ9NUQ6 558 aaKnown RBP21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 SIRPGQ9P1W8 387 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 GULP1Q9UBP9 304 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 RIMKLBQ9ULI2 386 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 PADI4Q9UM07 663 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 PRKAB1Q9Y478 270 aa21.46■■□□□ 1.03
CLN3-207ENST00000395653 HYAL3O43820 417 aaPredicted RBP21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 NOBOXO60393 691 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ITGALP20701 1170 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 MC4RP32245 332 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CA5AP35218 305 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 E2F1Q01094 437 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GOLGA4Q13439 2230 aaKnown RBP21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GTF2H3Q13889 308 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SMAD1Q15797 465 aaKnown RBP21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SKIDA1Q1XH10 827 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GPR33Q49SQ1 333 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CCDC38Q502W7 563 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GUSBP11Q6P575 273 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 NLRP9Q7RTR0 991 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SNX20Q7Z614 316 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 LRRTM4Q86VH4 590 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 OR6C4Q8NGE1 309 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 IFI44Q8TCB0 444 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PEX13Q92968 403 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ULK4Q96C45 1275 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CDKN2AIPNLQ96HQ2 116 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PCYOX1Q9UHG3 505 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ANGPTL2Q9UKU9 493 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SLC30A1Q9Y6M5 507 aa21.45■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CPED1A4D0V7 1026 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 B4DGG1 531 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CCL22O00626 93 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 KMOO15229 486 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TOP3BO95985 862 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ACP5P13686 325 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CASQ1P31415 396 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SARNPP82979 210 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 C14orf28Q4W4Y0 310 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 LRRC8BQ6P9F7 803 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ZNF534Q76KX8 674 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TMPRSS7Q7RTY8 843 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 EFL1Q7Z2Z2 1120 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 C17orf82Q86X59 251 aaPredicted RBP21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GALNT15Q8N3T1 639 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ZDHHC1Q8WTX9 485 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CPT1BQ92523 772 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 RUNDC3BQ96NL0 473 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SCNM1Q9BWG6 230 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CRLS1Q9UJA2 301 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TCAF1Q9Y4C2 921 aa21.44■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TCRBV7S3A2A0A539 114 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CCDC188H7C350 402 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 NPY2RP49146 381 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CLCNKAP51800 687 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SESN2P58004 480 aaPredicted RBP21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ACVR1Q04771 509 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 HLTFQ14527 1009 aaKnown RBP eCLIP21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PPP1R7Q15435 360 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PCID2Q5JVF3 399 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TSTD2Q5T7W7 516 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CRTC3Q6UUV7 619 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SYT10Q6XYQ8 523 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ZNF547Q8IVP9 402 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 NXPE1Q8N323 547 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PPHLN1Q8NEY8 458 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TIMM29Q9BSF4 260 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 IL22Q9GZX6 179 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 BFARQ9NZS9 450 aa21.43■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PLXNB3Q9ULL4 1909 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TRBV5-4A0A0C4DH59 114 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 FAM221BA6H8Z2 402 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 MSH3P20585 1137 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TMPRSS12Q86WS5 348 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TRAPPC5Q8IUR0 188 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 SFTPA2Q8IWL1 248 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 RASGEF1AQ8N9B8 481 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 OR13J1Q8NGT2 312 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 HEXDCQ8WVB3 486 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ZNF514Q96K75 400 aaPredicted RBP21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 NEUROG3Q9Y4Z2 214 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CEP295Q9C0D2 2601 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CCDC78A2IDD5 438 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 GLB1P16278 677 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ZNF7P17097 686 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 AKT1P31749 480 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 ARSDP51689 593 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 TERF1P54274 439 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 CACNG1Q06432 222 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 INSCQ1MX18 579 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-207ENST00000395653 PERM1Q5SV97 790 aa21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.4 ms