RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 CCDC74BQ96LY2 380 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 MCCC1Q96RQ3 725 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 SEMA3CQ99985 751 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 THAP2Q9H0W7 228 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 TMEM9Q9P0T7 183 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 SLC17A4Q9Y2C5 497 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 PCDHB11Q9Y5F2 797 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 PCDHGA4Q9Y5G9 962 aa16.1■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 A0A1B0GTH6 734 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 A0A1W2PQC6 194 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 PSMD11O00231 422 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 MAP3K6O95382 1288 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 IVLP07476 585 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 IL4RP24394 825 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 ARSDP51689 593 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 CDH6P55285 790 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 SLC25A11Q02978 314 aaKnown RBP16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 KRT81Q14533 505 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 ATP13A4Q4VNC1 1196 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 LRRC66Q68CR7 880 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 CPNE8Q86YQ8 564 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 HTR3CQ8WXA8 447 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 AP2M1Q96CW1 435 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 BPIFA3Q9BQP9 254 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 TRIM4Q9C037 500 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 KCTD5Q9NXV2 234 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 ANAPC7Q9UJX3 599 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 PPIL1Q9Y3C6 166 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 PRKAB1Q9Y478 270 aa16.09■□□□□ 0.17
CLN3-246ENST00000636228 INPP4BO15327 924 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 FZD6O60353 706 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 MBD3O95983 291 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 FGF3P11487 239 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NFKBIAP25963 317 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 DSC2Q02487 901 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 PTSQ03393 145 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 PIGHQ14442 188 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NR1I3Q14994 352 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NR1D2Q14995 579 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TBR1Q16650 682 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TDRD12Q587J7 1177 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 FAM182AQ5T1J6 154 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TMEM164Q5U3C3 297 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 HGSNATQ68CP4 663 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TEX26Q8N6G2 289 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TEKT4Q8WW24 435 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 OR2M4Q96R27 311 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NUP85Q9BW27 656 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 FAM117AQ9C073 453 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 AKAP7Q9P0M2 348 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CHKBQ9Y259 395 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 PCYT1BQ9Y5K3 369 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 FLNBO75369 2602 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 IGHV1OR21-1A0A087WYE8 117 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 MFSD11O43934 449 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 EML2O95834 649 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 SERPINC1P01008 464 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TEAD1P28347 426 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CSF2RBP32927 897 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 SERPINB6P35237 376 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 GJC1P36383 396 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ZNF165P49910 485 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 LIMK2P53671 638 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 DPTQ07507 201 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 PYCR3Q53H96 274 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ADAMTSL4Q6UY14 1074 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CPLX3Q8WVH0 158 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ART4Q93070 314 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 SCARF2Q96GP6 870 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 RIOK2Q9BVS4 552 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CLMPQ9H6B4 373 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 OCIAD1Q9NX40 245 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 KCNK4Q9NYG8 393 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 IP6K2Q9UHH9 426 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TTLL3Q9Y4R7 772 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 HEMK1Q9Y5R4 338 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 A0A0J9YYE9 177 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 HGSO14964 777 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CLDN7O95471 211 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ASMTLO95671 621 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TRBC1P01850 177 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ITGB2P05107 769 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ITGB6P18564 788 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 GPR3P46089 330 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 PPM1FP49593 454 aaPredicted RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 EPHB1P54762 984 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 KCNC4Q03721 635 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CLCA4Q14CN2 919 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 IQCB1Q15051 598 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NFKBIBQ15653 356 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 RALGPS1Q5JS13 557 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CCDC122Q5T0U0 273 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NCBP2-AS2Q69YL0 99 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 ZSCAN1Q8NBB4 408 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 NKD1Q969G9 470 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 TAAR9Q96RI9 348 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 POLR1EQ9GZS1 481 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 CDH19Q9H159 772 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 RBM22Q9NW64 420 aaKnown RBP eCLIP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-246ENST00000636228 B3GALT1Q9Y5Z6 326 aa16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.1 ms