RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000441089.1

PTPN4-206, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 671 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-206	ENST00000441089	TULP3	O75386	442 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CS	O75390	466 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DAB1	O75553	588 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PROSC	O94903	275 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KRT3	P12035	628 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TCF4	P15884	667 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	COMT	P21964	271 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RFC1	P35251	1148 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FLT3	P36888	993 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MAGEA11	P43364	429 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ACADSB	P45954	432 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MARCKSL1	P49006	195 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TKTL1	P51854	596 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC5A3	P53794	718 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DAOA	P59103	153 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TAS2R40	P59535	323 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RACK1	P63244	317 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC6A3	Q01959	620 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TEK	Q02763	1124 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MESD	Q14696	234 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NFE2	Q16621	373 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TBR1	Q16650	682 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	C15orf59	Q2T9L4	293 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DCAF6	Q58WW2	860 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	C3orf38	Q5JPI3	329 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LY6G5C	Q5SRR4	150 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CDCP2	Q5VXM1	449 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	EGFLAM	Q63HQ2	1017 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PM20D1	Q6GTS8	502 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	C11orf63	Q6NUN7	778 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PPP1R2P3	Q6NXS1	205 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	VSTM1	Q6UX27	236 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	C4orf50	Q6ZRC1	276 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CYP4V2	Q6ZWL3	525 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC26A9	Q7LBE3	791 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ANKS1B	Q7Z6G8	1248 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SCD5	Q86SK9	330 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CLEC14A	Q86T13	490 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SCN4B	Q8IWT1	228 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC34A3	Q8N130	599 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SCML4	Q8N228	414 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TP53I13	Q8NBR0	393 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RXFP2	Q8WXD0	754 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ALG3	Q92685	438 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KRT35	Q92764	455 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MIB2	Q96AX9	1013 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SIPA1	Q96FS4	1042 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SIGLEC10	Q96LC7	697 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	C8orf48	Q96LL4	319 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC2A13	Q96QE2	648 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NMUR1	Q9HB89	426 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LRRC4	Q9HBW1	653 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	GDF3	Q9NR23	364 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PARVA	Q9NVD7	372 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	IL37	Q9NZH6	218 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	WDR35	Q9P2L0	1181 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	STRIP2	Q9ULQ0	834 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PLAA	Q9Y263	795 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PCDHB14	Q9Y5E9	798 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ALG6	Q9Y672	507 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CSMD2	Q7Z408	3487 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	POLE	Q07864	2286 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NSD1	Q96L73	2696 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089		A1L4Q6	167 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FAM92A	A1XBS5	289 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MYO1F	O00160	1098 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF185	O15231	689 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	HOXC11	O43248	304 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PRICKLE3	O43900	615 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	OPA1	O60313	960 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LRCH4	O75427	683 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TADA3	O75528	432 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	UBOX5	O94941	541 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FBXO21	O94952	628 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZBED1	O96006	694 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	GPD1	P21695	349 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PSMA2	P25787	234 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CTNNA2	P26232	953 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	IL1R2	P27930	398 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CASQ1	P31415	396 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MAN1A1	P33908	653 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CCNF	P41002	786 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PEX5	P50542	639 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DNA2	P51530	1060 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RNASE9	P60153	205 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63

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