RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CCL23	P55773	120 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CORO7	P57737	925 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CREM	Q03060	361 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MGAT5	Q09328	741 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CDH17	Q12864	832 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ILF2	Q12905	390 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP4	Q13115	394 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SQSTM1	Q13501	440 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PRPSAP1	Q14558	356 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMD5	Q16401	504 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	INSC	Q1MX18	579 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GAB4	Q2WGN9	574 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ANO4	Q32M45	955 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SPDYA	Q5MJ70	313 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	NAPEPLD	Q6IQ20	393 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	DENND5A	Q6IQ26	1287 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TRMT10B	Q6PF06	316 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	KDELC1	Q6UW63	502 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RANBP10	Q6VN20	620 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PID1	Q7Z2X4	250 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SRL	Q86TD4	932 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPYL5	Q86VY4	417 aa	Predicted RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CNTN4	Q8IWV2	1026 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TCEAL8	Q8IYN2	117 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC34	Q8IZ02	419 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNA2D3	Q8IZS8	1091 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MPP5	Q8N3R9	675 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ATPAF2	Q8N5M1	289 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC197	Q8NCU1	140 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF461	Q8TAF7	563 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB3IL1	Q8TBN0	382 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF398	Q8TD17	642 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	THAP3	Q8WTV1	239 aa	Predicted RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF419	Q96HQ0	510 aa	Predicted RBP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	APOPT1	Q96IL0	206 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF558	Q96NG5	402 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF599	Q96NL3	588 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PGLYRP2	Q96PD5	576 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RANBP9	Q96S59	729 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PRDM14	Q9GZV8	571 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A51	Q9H1U9	297 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GLOD4	Q9HC38	313 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GP6	Q9HCN6	339 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS45	Q9NRW7	570 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	BFAR	Q9NZS9	450 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MARCH2	Q9P0N8	246 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TBK1	Q9UHD2	729 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RSPH14	Q9UHP6	348 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	VANGL2	Q9ULK5	521 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CDY1	Q9Y6F8	540 aa		5.62	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CXorf51A	A0A1B0GTR3	108 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP42	A6NI28	874 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXO6	A8MYZ6	492 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM49D1	C9J1S8	452 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BNC9	293 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	BIRC5	O15392	142 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	EDF1	O60869	148 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TGDS	O95455	350 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PCNT	O95613	3336 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	OLFM2	O95897	454 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	EPO	P01588	193 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	JCHAIN	P01591	159 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	POLB	P06746	335 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GSTA1	P08263	222 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00271	P0C7V0	271 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SRGAP2B	P0DMP2	458 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	NAT2	P11245	290 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PFKL	P17858	780 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CA4	P22748	312 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMA3	P25788	255 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MGAT1	P26572	445 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXN2	P32314	431 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RPA3	P35244	121 aa	Predicted RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PPM1A	P35813	382 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GP5	P40197	560 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	HADHA	P40939	763 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	POLD2	P49005	469 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PAPOLA	P51003	745 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RENBP	P51606	427 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GEM	P55040	296 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	HTRA3	P83110	453 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CDK18	Q07002	472 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	IL10RB	Q08334	325 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	EFEMP1	Q12805	493 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MPP3	Q13368	585 aa		5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	5.61	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LTBP2	Q14767	1821 aa		5.61	□□□□□ -1.51

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