RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409945.1

USP40-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP40, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-202ENST00000409945 JUPP14923 745 aa6.7□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 RPL9P32969 192 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
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USP40-202ENST00000409945 DSC1Q08554 894 aa6.7□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 GPS1Q13098 491 aa6.7□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 NRN1LQ496H8 165 aa6.7□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 ICE2Q659A1 982 aa6.7□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 FUT10Q6P4F1 479 aa6.7□□□□□ -1.34
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USP40-202ENST00000409945 PPM1FP49593 454 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
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USP40-202ENST00000409945 ADALQ6DHV7 355 aa6.69□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 MRNIPQ6NTE8 343 aa6.69□□□□□ -1.34
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USP40-202ENST00000409945 CUL9Q8IWT3 2517 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 MYMKA6NI61 221 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TMEM189-UBE2V1I3L0A0 370 aa6.68□□□□□ -1.34
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USP40-202ENST00000409945 TRIAP1O43715 76 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 COQ9O75208 318 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 TBX10O75333 385 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 INMTO95050 263 aa6.68□□□□□ -1.34
USP40-202ENST00000409945 DHRS4L1P0CG22 281 aa6.68□□□□□ -1.34
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