RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000441089.1

PTPN4-206, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 671 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-206	ENST00000441089	RRM1	P23921	792 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CASR	P41180	1078 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	LHX1	P48742	406 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	RGS7	P49802	495 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KRT83	P78385	493 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SMARCB1	Q12824	385 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SPA17	Q15506	151 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	IGFBP7	Q16270	282 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MGAT5B	Q3V5L5	792 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF385B	Q569K4	471 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TRNP1	Q6NT89	227 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PMF1	Q6P1K2	205 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KIAA1324	Q6UXG2	1013 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	H2AFV	Q71UI9	128 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GPRIN1	Q7Z2K8	1008 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KIAA1328	Q86T90	577 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TMEM150A	Q86TG1	271 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	VPS36	Q86VN1	386 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	METTL23	Q86XA0	190 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CPNE8	Q86YQ8	564 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MCOLN2	Q8IZK6	566 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TTC39C	Q8N584	583 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TTC9B	Q8N6N2	239 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TMEM35B	Q8NCS4	154 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC2A14	Q8TDB8	520 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SH3RF2	Q8TEC5	729 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	IPO4	Q8TEX9	1081 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	C2orf15	Q8WU43	125 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC35F5	Q8WV83	523 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	EXTL1	Q92935	676 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MYLPF	Q96A32	169 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SGF29	Q96ES7	293 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PCED1B	Q96HM7	432 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PIWIL1	Q96J94	861 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MRGPRX1	Q96LB2	322 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DEPDC7	Q96QD5	511 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	WDR24	Q96S15	920 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CPXM1	Q96SM3	734 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SMO	Q99835	787 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ACBD6	Q9BR61	282 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TRIM7	Q9C029	511 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ZCWPW1	Q9H0M4	648 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ADNP	Q9H2P0	1102 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	LINC00597	Q9H2U6	94 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ASCL3	Q9NQ33	180 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DUSP13	Q9UII6	198 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GTF3C4	Q9UKN8	822 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DSE	Q9UL01	958 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	INTU	Q9ULD6	942 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GUCA1B	Q9UMX6	200 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	AKAP9	Q99996	3911 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DNHD1	Q96M86	4753 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089		A0A0A6YYK5	440 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	MACROD2	A1Z1Q3	448 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GRID2IP	A4D2P6	1211 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ANKRD62	A6NC57	917 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089		E5RJQ4	531 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GREM1	O60565	184 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DNAJA2	O60884	412 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	USP12	O75317	370 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CKMT2	P17540	419 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PFKL	P17858	780 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PCSK1	P29120	753 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CTSK	P43235	329 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	RPL34	P49207	117 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GPR15	P49685	360 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	GSC	P56915	257 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	C21orf59	P57076	290 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	OGDH	Q02218	1023 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KDSR	Q06136	332 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	KIF5A	Q12840	1032 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PDCL	Q13371	301 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	STARD3	Q14849	445 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	TCEAL1	Q15170	157 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	DHCR24	Q15392	516 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	STIL	Q15468	1287 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC39A12	Q504Y0	691 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	C10orf76	Q5T2E6	689 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	BTBD8	Q5XKL5	378 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	PLEKHA7	Q6IQ23	1121 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	CLEC20A	Q6ZU45	233 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	FAM183BP	Q6ZVS7	135 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	BHLHA9	Q7RTU4	235 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	ADAT2	Q7Z6V5	191 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	XYLT1	Q86Y38	959 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SFTPA1	Q8IWL2	248 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-206	ENST00000441089	SRRM1	Q8IYB3	904 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.3 ms