RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 TRIM37O94972 964 aa31.61■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP31.61■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa31.61■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 USP31Q70CQ4 1352 aa31.6■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 WDR17Q8IZU2 1322 aa31.6■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP31.58■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa31.58■■■□□ 2.65
CLN3-215ENST00000565236 A0A1W2PP64 1363 aa31.57■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 NFAT5O94916 1531 aa31.56■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa31.56■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 NINLQ9Y2I6 1382 aa31.55■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 RGPD5Q99666 1765 aa31.54■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 USP47Q96K76 1375 aa31.54■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 CLSPNQ9HAW4 1339 aa31.53■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 PARP4Q9UKK3 1724 aaKnown RBP31.53■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 APBA3O96018 575 aa31.53■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 DISP2A7MBM2 1401 aa31.52■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 TMF1P82094 1093 aa31.52■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 DDB1Q16531 1140 aa31.52■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 CARD10Q9BWT7 1032 aa31.52■■■□□ 2.64
CLN3-215ENST00000565236 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP31.51■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 CDCA7Q9BWT1 371 aaPredicted RBP31.51■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 TNS1Q9HBL0 1735 aaKnown RBP31.51■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 EZH2Q15910 746 aaKnown RBP31.5■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 USP54Q70EL1 1684 aa31.49■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 CAMKK2Q96RR4 588 aa31.47■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 ABCC6O95255 1503 aa31.47■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 PSDA5PKW4 1024 aaPredicted RBP31.45■■■□□ 2.63
CLN3-215ENST00000565236 OVOS2A0A0G2JMS6 1433 aa31.43■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa31.43■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 OVOS2Q6IE36 1432 aa31.43■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 CDCA8Q53HL2 280 aa31.43■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 CCDC7Q96M83 1385 aa31.43■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 COG3Q96JB2 828 aa31.42■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 NLRP2Q9NX02 1062 aa31.42■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 LRRC37A3O60309 1634 aa31.42■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 PARD3Q8TEW0 1356 aa31.42■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 LTN1O94822 1766 aa31.41■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa31.41■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 EXOC5O00471 708 aa31.4■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 ERBB3P21860 1342 aa31.4■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 ANKRD24Q8TF21 1146 aa31.39■■■□□ 2.62
CLN3-215ENST00000565236 WNK3Q9BYP7 1800 aa31.38■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 R3HDM1Q15032 1099 aaKnown RBP31.38■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP31.38■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 PEAK1Q9H792 1746 aa31.35■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP31.35■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 IP6K1Q92551 441 aa31.35■■■□□ 2.61
CLN3-215ENST00000565236 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP31.32■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 SBF2Q86WG5 1849 aa31.31■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 FYB1O15117 783 aa31.3■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 IL2RBP14784 551 aa31.3■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 AMPHP49418 695 aa31.3■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 NBPF14Q5TI25 921 aa31.3■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 FBLN1P23142 703 aa31.29■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP31.29■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 GGNBP2Q9H3C7 697 aa31.29■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 MAP3K19Q56UN5 1328 aa31.28■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 BCL9O00512 1426 aa31.28■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 PLSCR1O15162 318 aa31.27■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 TNS2Q63HR2 1409 aa31.26■■■□□ 2.6
CLN3-215ENST00000565236 PTF1AQ7RTS3 328 aa31.26■■■□□ 2.59
CLN3-215ENST00000565236 RREB1Q92766 1687 aa31.25■■■□□ 2.59
CLN3-215ENST00000565236 HOXC9P31274 260 aa31.25■■■□□ 2.59
CLN3-215ENST00000565236 LRP5O75197 1615 aa31.22■■■□□ 2.59
CLN3-215ENST00000565236 NUP188Q5SRE5 1749 aa31.21■■■□□ 2.59
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CLN3-215ENST00000565236 CARD14Q9BXL6 1004 aa31.2■■■□□ 2.59
CLN3-215ENST00000565236 FAM208AQ9UK61 1670 aaKnown RBP31.17■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP31.17■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 POLR3GLQ9BT43 218 aa31.17■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 RGPD3A6NKT7 1758 aaPredicted RBP31.16■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 RGPD4Q7Z3J3 1758 aa31.16■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 KCNQ2O43526 872 aa31.16■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 ACSBG1Q96GR2 724 aa31.16■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 RTL1A6NKG5 1358 aa31.16■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 MYOM1P52179 1685 aa31.15■■■□□ 2.58
CLN3-215ENST00000565236 KIF20BQ96Q89 1820 aa31.14■■■□□ 2.58
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CLN3-215ENST00000565236 PROM2Q8N271 834 aa31.13■■■□□ 2.57
CLN3-215ENST00000565236 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP31.13■■■□□ 2.57
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CLN3-215ENST00000565236 NBPF4Q96M43 638 aa31.08■■■□□ 2.57
CLN3-215ENST00000565236 RGPD2P0DJD1 1756 aa31.07■■■□□ 2.56
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CLN3-215ENST00000565236 CGNL1Q0VF96 1302 aa31.07■■■□□ 2.56
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CLN3-215ENST00000565236 FLT4P35916 1363 aa31.05■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 KIF24Q5T7B8 1368 aa31.05■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 ANO8Q9HCE9 1232 aaPredicted RBP31.05■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 USHBP1Q8N6Y0 703 aa31.03■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa31.02■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa31.02■■■□□ 2.56
CLN3-215ENST00000565236 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP31.01■■■□□ 2.55
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