RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 AFF2P51816 1311 aa40.19■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 POLKQ9UBT6 870 aa40.18■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 AMPHP49418 695 aa40.17■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 BTG4Q9NY30 223 aa40.17■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 FLT4P35916 1363 aa40.16■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF24Q5T7B8 1368 aa40.16■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 FNBP4Q8N3X1 1017 aaPredicted RBP40.15■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 COL5A2P05997 1499 aaPredicted RBP40.15■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 BLMP54132 1417 aaPredicted RBP40.15■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP40.15■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP40.14■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 BCL9LQ86UU0 1499 aa40.14■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 AXIN2Q9Y2T1 843 aa40.14■■■■■ 4.02
LIMCH1-211ENST00000509638 HOXC9P31274 260 aa40.13■■■■■ 4.01
LIMCH1-211ENST00000509638 IP6K1Q92551 441 aa40.12■■■■■ 4.01
LIMCH1-211ENST00000509638 RALBP1Q15311 655 aa40.1■■■■■ 4.01
LIMCH1-211ENST00000509638 USP21Q9UK80 565 aa40.1■■■■■ 4.01
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LIMCH1-211ENST00000509638 MTHFSP49914 203 aa40.06■■■■■ 4
LIMCH1-211ENST00000509638 UNC5CLQ8IV45 518 aa40.06■■■■■ 4
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LIMCH1-211ENST00000509638 ATRNO75882 1429 aa40■■■■□ 3.99
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LIMCH1-211ENST00000509638 WDR17Q8IZU2 1322 aa39.98■■■■□ 3.99
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LIMCH1-211ENST00000509638 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa39.97■■■■□ 3.99
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LIMCH1-211ENST00000509638 GLI3P10071 1580 aa39.92■■■■□ 3.98
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LIMCH1-211ENST00000509638 WNK3Q9BYP7 1800 aa39.89■■■■□ 3.98
LIMCH1-211ENST00000509638 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP39.89■■■■□ 3.98
LIMCH1-211ENST00000509638 QTRT2Q9H974 415 aaKnown RBP39.89■■■■□ 3.98
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LIMCH1-211ENST00000509638 CFAP53Q96M91 514 aa39.88■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31A5Q5VU36 1347 aa39.88■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31A7Q8IWB4 1347 aa39.88■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 NLRP2Q9NX02 1062 aa39.86■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa39.85■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 USP35Q9P2H5 1018 aa39.84■■■■□ 3.97
LIMCH1-211ENST00000509638 POTEAQ6S8J7 498 aa39.82■■■■□ 3.97
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LIMCH1-211ENST00000509638 NBPF6Q5VWK0 638 aa39.8■■■■□ 3.96
LIMCH1-211ENST00000509638 NBPF4Q96M43 638 aa39.8■■■■□ 3.96
LIMCH1-211ENST00000509638 NCAPD2Q15021 1401 aa39.77■■■■□ 3.96
LIMCH1-211ENST00000509638 TCP11L2Q8N4U5 519 aa39.76■■■■□ 3.96
LIMCH1-211ENST00000509638 USHBP1Q8N6Y0 703 aa39.76■■■■□ 3.96
LIMCH1-211ENST00000509638 EYA1Q99502 592 aa39.76■■■■□ 3.95
LIMCH1-211ENST00000509638 THSD7AQ9UPZ6 1657 aa39.75■■■■□ 3.95
LIMCH1-211ENST00000509638 IGSF1Q8N6C5 1336 aa39.74■■■■□ 3.95
LIMCH1-211ENST00000509638 RBM6P78332 1123 aaKnown RBP39.74■■■■□ 3.95
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LIMCH1-211ENST00000509638 THRAP3Q9Y2W1 955 aaKnown RBP39.72■■■■□ 3.95
LIMCH1-211ENST00000509638 RXRBP28702 533 aa39.71■■■■□ 3.95
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LIMCH1-211ENST00000509638 MEGF6O75095 1541 aa39.67■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 BARGINQ6ZT62 677 aa39.67■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 NUDCQ9Y266 331 aa39.66■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC184Q52MB2 194 aa39.65■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 KDRP35968 1356 aa39.64■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 RGS12O14924 1447 aa39.64■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 AEBP1Q8IUX7 1158 aa39.63■■■■□ 3.94
LIMCH1-211ENST00000509638 A0A0G2JS52 829 aa39.62■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 MYT1Q01538 1121 aa39.62■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 SULT6B1Q6IMI4 303 aa39.62■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 IL2RBP14784 551 aa39.61■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 BRWD3Q6RI45 1802 aa39.61■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 HMOX1P09601 288 aa39.6■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 MRS2Q9HD23 443 aa39.6■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 OVOS2A0A0G2JMS6 1433 aa39.59■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 PKD1L3Q7Z443 1732 aa39.59■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP39.59■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP39.59■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa39.59■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 ONECUT3O60422 494 aaPredicted RBP39.58■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 CDCA7Q9BWT1 371 aaPredicted RBP39.58■■■■□ 3.93
LIMCH1-211ENST00000509638 SHANK3Q9BYB0 1731 aa39.57■■■■□ 3.92
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