RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC22A12	Q96S37	553 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LINC00597	Q9H2U6	94 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	EBF3	Q9H4W6	596 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	SYNC	Q9H7C4	482 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	EMC7	Q9NPA0	242 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ACP6	Q9NPH0	428 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM30A	Q9NV96	361 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GTSE1	Q9NYZ3	720 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	CFAP97	Q9P2B7	532 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FBXO10	Q9UK96	956 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ADAM29	Q9UKF5	820 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	CCL26	Q9Y258	94 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	WNT6	Q9Y6F9	365 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA1549L	Q6ZVL6	1849 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ADAMTS9	Q9P2N4	1935 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TDRD6	O60522	2096 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	SDK1	Q7Z5N4	2213 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A0G2JNJ9	132 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF840P	A6NDX5	716 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LEFTY2	O00292	366 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TULP2	O00295	520 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	CAPN9	O14815	690 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	MDM4	O15151	490 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PI15	O43692	258 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GFPT2	O94808	682 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZBED1	O96006	694 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	POU2F2	P09086	479 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PAEP	P09466	180 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ATP1A3	P13637	1013 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	AVPR2	P30518	371 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	CNR2	P34972	360 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PDE6C	P51160	858 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	BCAT1	P54687	386 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	BPIFB4	P59827	614 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	YWHAG	P61981	247 aa	Known RBP eCLIP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLGA8F	Q08AF8	430 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLGA8DP	Q0D2H9	430 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ADIG	Q0VDE8	80 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TOP3A	Q13472	1001 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	USP10	Q14694	798 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PON2	Q15165	354 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TERF2	Q15554	542 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	MLF2	Q15773	248 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ANO4	Q32M45	955 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ITPRIPL2	Q3MIP1	535 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	MIIP	Q5JXC2	388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	KLHDC7A	Q5VTJ3	777 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	BROX	Q5VW32	411 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	OR6B2	Q6IFH4	312 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FOXR2	Q6PJQ5	311 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	RBM43	Q6ZSC3	357 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ENOSF1	Q7L5Y1	443 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GPRIN1	Q7Z2K8	1008 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	GPR155	Q7Z3F1	870 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PHLDB2	Q86SQ0	1253 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LUZP1	Q86V48	1076 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PIGZ	Q86VD9	579 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TTC30A	Q86WT1	665 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	REXO1L1P	Q8IX06	675 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LGI4	Q8N135	537 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	AFAP1L2	Q8N4X5	818 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZMIZ2	Q8NF64	920 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF606	Q8WXB4	792 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM3C	Q92520	227 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM149B1	Q96BN6	582 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	MBD6	Q96DN6	1003 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	RSPRY1	Q96DX4	576 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	AJUBA	Q96IF1	538 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	FAXDC2	Q96IV6	333 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LRRC3B	Q96PB8	259 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ULBP1	Q9BZM6	244 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ZDHHC5	Q9C0B5	715 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	POFUT1	Q9H488	388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TSPY26P	Q9H489	355 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	TBC1D17	Q9HA65	648 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	ARHGEF3	Q9NR81	526 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	COMMD8	Q9NX08	183 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	COX16	Q9P0S2	106 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	WNT16	Q9UBV4	365 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288		Q9UFV3	132 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	CPQ	Q9Y646	472 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	DUSP10	Q9Y6W6	482 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	F5	P12259	2224 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-238	ENST00000556288	PI4KA	P42356	2102 aa		4.84	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 95.6 ms