RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557076.5

SCFD1-223, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 3

Gene SCFD1, Length 743 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-223	ENST00000557076	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	DEF6	Q9H4E7	631 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	POLR1B	Q9H9Y6	1135 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	THSD1	Q9NS62	852 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	DPP3	Q9NY33	737 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	THAP10	Q9P2Z0	257 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	LRWD1	Q9UFC0	647 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	DNM3	Q9UQ16	869 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	MAN2B2	Q9Y2E5	1009 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	EPB41L3	Q9Y2J2	1087 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	RAD54B	Q9Y620	910 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	SLCO1B1	Q9Y6L6	691 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	STON1	Q9Y6Q2	735 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	CRYBG3	Q68DQ2	2970 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	MYOF	Q9NZM1	2061 aa		4.96	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	ZNF638	Q14966	1978 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.61
SCFD1-223	ENST00000557076	SETD2	Q9BYW2	2564 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CEP192	Q8TEP8	1941 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076		H0YCG3	227 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CBX4	O00257	560 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GPR42	O15529	346 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TIMM44	O43615	452 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SYNCRIP	O60506	623 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CDKL5	O76039	1030 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SCG5	P05408	212 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SNRPB2	P08579	225 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	OR52Z1	P0C646	297 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MBL2	P11226	248 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TYR	P14679	529 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ABCB4	P21439	1286 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PSMA5	P28066	241 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PCSK1	P29120	753 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ACSL1	P33121	698 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ACVRL1	P37023	503 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PNPLA4	P41247	253 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62	9e-7	■■■□□ 15
SCFD1-223	ENST00000557076	ARRB1	P49407	418 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	C21orf59	P57076	290 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TLE1	Q04724	770 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TAF10	Q12962	218 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MAPK7	Q13164	816 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SHB	Q15464	509 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SV2C	Q496J9	727 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PRAMEF14	Q5SWL7	426 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SNX30	Q5VWJ9	437 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	KIAA1614	Q5VZ46	1190 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TEPP	Q6URK8	271 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	C4orf50	Q6ZRC1	276 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	NT5DC4	Q86YG4	428 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GATAD2A	Q86YP4	633 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CCDC103	Q8IW40	242 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	EID2	Q8N6I1	236 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BTN2A2	Q8WVV5	523 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	OVCA2	Q8WZ82	227 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BIRC7	Q96CA5	298 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GRAMD1A	Q96CP6	724 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ERLEC1	Q96DZ1	483 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	C8orf48	Q96LL4	319 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ORAI3	Q9BRQ5	295 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ACE2	Q9BYF1	805 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	VPS11	Q9H270	941 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	C6orf106	Q9H6K1	298 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ERVMER34-1	Q9H9K5	563 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ASCL3	Q9NQ33	180 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DNAJC17	Q9NVM6	304 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MAGEC2	Q9UBF1	373 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CPSF3	Q9UKF6	684 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC27A6	Q9Y2P4	619 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TCAF1	Q9Y4C2	921 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PAXBP1	Q9Y5B6	917 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TCRBV5S2	A0A599	114 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	COCH	O43405	550 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	MAFK	O60675	156 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	HUS1	O60921	280 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	USP12	O75317	370 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	CDC45	O75419	566 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	PIGR	P01833	764 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BDNF	P23560	247 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	KRT2	P35908	639 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	SELENOP	P49908	381 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	TUB	P50607	506 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	COPA	P53621	1224 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	BCAT1	P54687	386 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	GABRE	P78334	506 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	IL9R	Q01113	521 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ZBTB16	Q05516	673 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-223	ENST00000557076	ST3GAL1	Q11201	340 aa		4.95	□□□□□ -1.62

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