RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561689.6

CLN3-209, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,957 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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CLN3-209ENST00000561689 RFTN1Q14699 578 aaPredicted RBP21.56■■□□□ 1.04
CLN3-209ENST00000561689 EXOC3L1Q86VI1 746 aa21.56■■□□□ 1.04
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