RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	RPL10L	Q96L21	214 aa	Known RBP	12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	C10orf88	Q9H8K7	445 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PDF	Q9HBH1	243 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	NT5M	Q9NPB1	228 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RBM22	Q9NW64	420 aa	Known RBP eCLIP	12.11	□□□□□ -0.47	4e-7	■■■■■ 38
DDB1-223	ENST00000543658	AMACR	Q9UHK6	382 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	NDRG2	Q9UN36	371 aa	Known RBP	12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	12.11	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658		A0A0A0MRY4	1105 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GOLGA6C	A6NDK9	693 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GOLGA6B	A6NDN3	693 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PRRT4	C9JH25	899 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	NPC1	O15118	1278 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	BNIP3L	O60238	219 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	OPHN1	O60890	802 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ABCB7	O75027	752 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ZMPSTE24	O75844	475 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TMCC1	O94876	653 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	IGSF6	O95976	241 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	JCHAIN	P01591	159 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	KRT14	P02533	472 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GOLGA6D	P0CG33	693 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PTPN3	P26045	913 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CTSO	P43234	321 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	STK19	P49842	368 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	LRRC32	Q14392	662 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PRPSAP1	Q14558	356 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TEX44	Q53QW1	395 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM196	Q5HYL7	178 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TTC27	Q6P3X3	843 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	C22orf39	Q6P5X5	142 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TXNDC11	Q6PKC3	985 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SERPINA13P	Q6UXR4	307 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	C4orf22	Q6V702	233 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PHTF2	Q8N3S3	785 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SH2D3C	Q8N5H7	860 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PAF1	Q8N7H5	531 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	MAML1	Q92585	1016 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SPATA13	Q96N96	652 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PPP1R2P1	Q96PQ5	205 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CEP41	Q9BYV8	373 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CEP44	Q9C0F1	390 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	POLR1E	Q9GZS1	481 aa	Known RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PCDH9	Q9HC56	1237 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GOLGA6A	Q9NYA3	693 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PAK5	Q9P286	719 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ASIC3	Q9UHC3	531 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PCYOX1	Q9UHG3	505 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RSPH14	Q9UHP6	348 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	HS3ST2	Q9Y278	367 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	FCF1	Q9Y324	198 aa	Known RBP	12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CKAP5	Q14008	2032 aa		12.1	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SPTBN5	Q9NRC6	3674 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	FAM187A	A6NFU0	413 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	EGF	P01133	1207 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SRC	P12931	536 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TIE1	P35590	1138 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	LMAN1	P49257	510 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GDF10	P55107	478 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SNRPD1	P62314	119 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RAD51	Q06609	339 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SLC10A7	Q0GE19	358 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB17	Q13105	803 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF234	Q14588	700 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	UBXN2B	Q14CS0	331 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	DGKK	Q5KSL6	1271 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD20A2	Q5SQ80	823 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TEX35	Q5T0J7	233 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD20A1	Q5TYW2	823 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD20A3	Q5VUR7	823 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM215	Q68D42	235 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CHPF	Q8IZ52	775 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SIX5	Q8N196	739 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RYBP	Q8N488	228 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	MMGT1	Q8N4V1	131 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	PCDH20	Q8N6Y1	951 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	KDM1B	Q8NB78	822 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC110	Q8TBZ0	833 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SORCS1	Q8WY21	1168 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	GDAP1L1	Q96MZ0	367 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	AGAP3	Q96P47	875 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	IL12RB2	Q99665	862 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	TM6SF2	Q9BZW4	377 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	RAB17	Q9H0T7	212 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	MFSD1	Q9H3U5	465 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	UTP11	Q9Y3A2	253 aa	Known RBP	12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	ACTL7A	Q9Y615	435 aa		12.09	□□□□□ -0.47
DDB1-223	ENST00000543658	C5orf60	A6NFR6	353 aa		12.08	□□□□□ -0.48
DDB1-223	ENST00000543658		E7EVH7	732 aa		12.08	□□□□□ -0.48

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