RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	PROSER1	Q86XN7	944 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CPNE8	Q86YQ8	564 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	NAXD	Q8IW45	347 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PNPLA1	Q8N8W4	532 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAMTS14	Q8WXS8	1223 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXJ1	Q92949	421 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	HES6	Q96HZ4	224 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PSMB7	Q99436	277 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TLR10	Q9BXR5	811 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	IL21R	Q9HBE5	538 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ITM2C	Q9NQX7	267 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM51	Q9NW97	253 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX56	Q9NY93	547 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SNX12	Q9UMY4	172 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	LHX6	Q9UPM6	363 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNK3	O14649	394 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FANCG	O15287	622 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ZBTB24	O43167	697 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	URI1	O94763	535 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TRUB2	O95900	331 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	F9	P00740	461 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FYN	P06241	537 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	HMBS	P08397	361 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FTH1P19	P0C7X4	201 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	MIP	P30301	263 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CORO1A	P31146	461 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	MARCKSL1	P49006	195 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	COPA	P53621	1224 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	HDAC4	P56524	1084 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	RWDD2B	P57060	319 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TAS2R40	P59535	323 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC25A11	Q02978	314 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	NNT	Q13423	1086 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPD	Q14103	355 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SMTNL2	Q2TAL5	461 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR45B	Q5MNZ6	344 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SYCP2L	Q5T4T6	812 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	OTUD1	Q5VV17	481 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM215	Q68D42	235 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SLCO6A1	Q86UG4	719 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM131B	Q86XD5	332 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ZCCHC9	Q8N567	271 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	C1orf216	Q8TAB5	229 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAM32	Q8TC27	787 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT35	Q92764	455 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF34	Q969K3	372 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PGAP3	Q96FM1	320 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	RBM41	Q96IZ5	413 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR174	Q9BXC1	333 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ZWILCH	Q9H900	591 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SUSD2	Q9UGT4	822 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PCSK1N	Q9UHG2	260 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SAR1B	Q9Y6B6	198 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	URB1	O60287	2271 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1B0GTW7	788 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX3Y	O15523	660 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	MSI1	O43347	362 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	IGLV3-19	P01714	112 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	APOE	P02649	317 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	GNS	P15586	552 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TFE3	P19532	575 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PRKCH	P24723	683 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CHKA	P35790	457 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CETN2	P41208	172 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TPMT	P51580	245 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SCAP	Q12770	1279 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	EFEMP1	Q12805	493 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ARL13B	Q3SXY8	428 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	EFHC2	Q5JST6	749 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC181	Q5TID7	509 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TMPRSS6	Q8IU80	811 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC50	Q8IVM0	306 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM217A	Q8IXS0	508 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	KATNAL2	Q8IYT4	538 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	TEKT4	Q8WW24	435 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SORCS1	Q8WY21	1168 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	HSPH1	Q92598	858 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CENPI	Q92674	756 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	NT5C3B	Q969T7	300 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	OSBPL9	Q96SU4	736 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SNRNP25	Q9BV90	132 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	CARD9	Q9H257	536 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PIGV	Q9NUD9	493 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	STAU2	Q9NUL3	570 aa	Known RBP eCLIP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	KLHL11	Q9NVR0	708 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	MARCH2	Q9P0N8	246 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PCOLCE2	Q9UKZ9	415 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	AP4E1	Q9UPM8	1137 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF510	Q9Y2H8	683 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA3	Q9Y5H8	950 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	SLCO1B1	Q9Y6L6	691 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	KNTC1	P50748	2209 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PTPRF-208	ENST00000437607	ARID1B	Q8NFD5	2236 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41

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