RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	ARMCX2	Q7L311	632 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	HEATR4	Q86WZ0	1026 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	AHI1	Q8N157	1196 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PYROXD2	Q8N2H3	581 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	BPIFB6	Q8NFQ5	453 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TBCB	Q99426	244 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	OSBPL6	Q9BZF3	934 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	POMK	Q9H5K3	350 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PALMD	Q9NP74	551 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SLCO1B7	G3V0H7	640 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB14	O43829	449 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CBFA2T3	O75081	653 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	LTF	P02788	710 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	FGF3	P11487	239 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PTPN7	P35236	360 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TRPC1	P48995	793 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	INHBC	P55103	352 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SLC6A3	Q01959	620 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	RGS21	Q2M5E4	152 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SAMD4B	Q5PRF9	694 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	POTEH	Q6S545	545 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ZPBP2	Q6X784	338 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NANOGNB	Q7Z5D8	188 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	P2RY11	Q96G91	374 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	RNF145	Q96MT1	663 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SLC39A3	Q9BRY0	314 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SARS2	Q9NP81	518 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DSE	Q9UL01	958 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TELO2	Q9Y4R8	837 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	GOLGA4	Q13439	2230 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM233	B4DJY2	109 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	MPO	P05164	745 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TFAP2A	P05549	437 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	YAP1	P46937	504 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	BNIP3	Q12983	259 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	KCTD2	Q14681	263 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	FSTL4	Q6MZW2	842 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	STK32C	Q86UX6	486 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CAMK1D	Q8IU85	385 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TWNK	Q96RR1	684 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NDEL1	Q9GZM8	345 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PLEKHA5	Q9HAU0	1116 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	USP29	Q9HBJ7	922 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	IPO11	Q9UI26	975 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	11.21	□□□□□ -0.61	3e-9	■■■■■ 164.7
CLN3-244	ENST00000636147	IL18RAP	O95256	599 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PENK	P01210	267 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	GRIA2	P42262	883 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF460	Q14592	562 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CHST15	Q7LFX5	561 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PGAM4	Q8N0Y7	254 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DEFB106A	Q8N104	65 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DNAJB14	Q8TBM8	379 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NDRG1	Q92597	394 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	KLK14	Q9P0G3	267 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	COQ6	Q9Y2Z9	468 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CHEK2	O96017	543 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CDK4	P11802	303 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	CDH13	P55290	713 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DAB2	P98082	770 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NFYC	Q13952	458 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PCLAF	Q15004	111 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF410	Q86VK4	478 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	WDTC1	Q8N5D0	677 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	NAT16	Q8N8M0	369 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PPHLN1	Q8NEY8	458 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	COX4I2	Q96KJ9	171 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	SIGLEC10	Q96LC7	697 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PRICKLE1	Q96MT3	831 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	PEBP4	Q96S96	227 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DDIT4	Q9NX09	232 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM17	Q9Y577	477 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147	DGKB	Q9Y6T7	804 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CLN3-244	ENST00000636147		A0A087WZ62	844 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147		A0A1W2PPW3	197 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	VWA5A	O00534	786 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	DEAF1	O75398	565 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	VTN	P04004	478 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PCNA	P12004	261 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SERPINB1	P30740	379 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SPIDR	Q14159	915 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	LY6K	Q17RY6	165 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SPANXN3	Q5MJ09	141 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF470	Q6ECI4	717 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		11.21	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.2 ms