RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 BLMP54132 1417 aaPredicted RBP26.69■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHG5O94827 1062 aa26.68■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP26.67■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 SEPT12Q8IYM1 358 aa26.67■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 CDK19Q9BWU1 502 aa26.67■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP26.67■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP26.65■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 CCDC61Q9Y6R9 512 aa26.65■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 BTG4Q9NY30 223 aa26.65■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 QRICH2Q9H0J4 1663 aa26.64■■□□□ 1.86
CLN3-241ENST00000635861 ZRANB1Q9UGI0 708 aa26.63■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHG3A1L390 1219 aa26.62■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 NBPF1Q3BBV0 1214 aa26.61■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 KRT27Q7Z3Y8 459 aa26.61■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 ACEP12821 1306 aa26.6■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP26.6■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 THSD7AQ9UPZ6 1657 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 PRDM11Q9NQV5 511 aa26.58■■□□□ 1.85
CLN3-241ENST00000635861 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP26.57■■□□□ 1.84
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CLN3-241ENST00000635861 NBPF8Q3BBV2 869 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 SPATA31A5Q5VU36 1347 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 SPATA31A7Q8IWB4 1347 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 NRKQ7Z2Y5 1582 aa26.56■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 RGPD1P0DJD0 1748 aa26.56■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 KIAA0232Q92628 1395 aa26.55■■□□□ 1.84
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CLN3-241ENST00000635861 A0A0G2JS52 829 aa26.53■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 MYT1Q01538 1121 aa26.53■■□□□ 1.84
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CLN3-241ENST00000635861 L3MBTL2Q969R5 705 aa26.52■■□□□ 1.84
CLN3-241ENST00000635861 LMO7Q8WWI1 1683 aa26.49■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 ABTB2Q8N961 1025 aa26.49■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 USP19O94966 1318 aa26.49■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 CPDO75976 1380 aa26.49■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 NLRP13Q86W25 1043 aa26.47■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP26.46■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 DEFB132Q7Z7B7 95 aa26.46■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 CABP2Q9NPB3 220 aa26.46■■□□□ 1.83
CLN3-241ENST00000635861 BAG6P46379 1132 aa26.45■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 NUTM2GQ5VZR2 741 aa26.45■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 TNS1Q9HBL0 1735 aaKnown RBP26.45■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 CHRNA2Q15822 529 aa26.44■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 USP6P35125 1406 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 SSH2Q76I76 1423 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 AKAP12Q02952 1782 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 EVC2Q86UK5 1308 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 CAMTA1Q9Y6Y1 1673 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 SIN3AQ96ST3 1273 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP26.42■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 STRN4Q9NRL3 753 aa26.41■■□□□ 1.82
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CLN3-241ENST00000635861 DISP2A7MBM2 1401 aa26.4■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 SLIT3O75094 1523 aa26.4■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 EVA1CP58658 441 aa26.39■■□□□ 1.82
CLN3-241ENST00000635861 GCP02774 474 aa26.39■■□□□ 1.81
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CLN3-241ENST00000635861 LRP5O75197 1615 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 NEUROD1Q13562 356 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 THRAP3Q9Y2W1 955 aaKnown RBP26.36■■□□□ 1.81
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CLN3-241ENST00000635861 COL5A2P05997 1499 aaPredicted RBP26.34■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa26.34■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP26.34■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 TCP11L2Q8N4U5 519 aa26.33■■□□□ 1.81
CLN3-241ENST00000635861 COL18A1P39060 1754 aa26.32■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 NLRP6P59044 892 aa26.32■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 AATKQ6ZMQ8 1374 aa26.32■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 LARP1Q6PKG0 1096 aaKnown RBP26.31■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 MON2Q7Z3U7 1717 aa26.31■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 FAM182BQ5T319 152 aa26.31■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 USP35Q9P2H5 1018 aa26.31■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 CRB1P82279 1406 aa26.3■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 WNK3Q9BYP7 1800 aa26.3■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 PDE3BQ13370 1112 aa26.29■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 PARD3Q8TEW0 1356 aa26.28■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP26.28■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP26.28■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 TTC21AQ8NDW8 1320 aa26.28■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 CPSF1Q10570 1443 aaKnown RBP26.27■■□□□ 1.8
CLN3-241ENST00000635861 USP54Q70EL1 1684 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 RGPD5Q99666 1765 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 RREB1Q92766 1687 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 KCNH5Q8NCM2 988 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 ABCC6O95255 1503 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 SBF2Q86WG5 1849 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 TRIM37O94972 964 aa26.22■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 LRRC37A3O60309 1634 aa26.22■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 RGPD3A6NKT7 1758 aaPredicted RBP26.21■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 RGPD4Q7Z3J3 1758 aa26.21■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP26.21■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 TONSLQ96HA7 1378 aa26.21■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 PEAK1Q9H792 1746 aa26.21■■□□□ 1.79
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