RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 COL14A1Q05707 1796 aaKnown RBP31.17■■■□□ 2.58
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USP40-215ENST00000484528 SIN3AQ96ST3 1273 aa31.15■■■□□ 2.58
USP40-215ENST00000484528 L3MBTL2Q969R5 705 aa31.14■■■□□ 2.58
USP40-215ENST00000484528 PHRF1Q9P1Y6 1649 aaKnown RBP31.13■■■□□ 2.57
USP40-215ENST00000484528 BTG4Q9NY30 223 aa31.11■■■□□ 2.57
USP40-215ENST00000484528 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa31.1■■■□□ 2.57
USP40-215ENST00000484528 ACEP12821 1306 aa31.1■■■□□ 2.57
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USP40-215ENST00000484528 SEPT12Q8IYM1 358 aa31.1■■■□□ 2.57
USP40-215ENST00000484528 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP31.08■■■□□ 2.57
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USP40-215ENST00000484528 CHRNA2Q15822 529 aa30.99■■■□□ 2.55
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USP40-215ENST00000484528 SPATA31A7Q8IWB4 1347 aa30.95■■■□□ 2.54
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USP40-215ENST00000484528 DEFB132Q7Z7B7 95 aa30.91■■■□□ 2.54
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USP40-215ENST00000484528 COL5A2P05997 1499 aaPredicted RBP30.73■■■□□ 2.51
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USP40-215ENST00000484528 COL18A1P39060 1754 aa30.69■■■□□ 2.5
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USP40-215ENST00000484528 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP30.57■■■□□ 2.48
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USP40-215ENST00000484528 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa30.56■■■□□ 2.48
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