RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 RRP1P56182 461 aaKnown RBP9.81□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 BECN1Q14457 450 aa9.81□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP9.81□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 TBX22Q9Y458 520 aa9.81□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 SLIT1O75093 1534 aa9.81□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 EVA1CP58658 441 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 LMOD3Q0VAK6 560 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 MTHFSP49914 203 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 CABP1Q9NZU7 370 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 CCDC61Q9Y6R9 512 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 CADPS2Q86UW7 1296 aa9.8□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 NPHP1O15259 732 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 TOM1O60784 492 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 C3P01024 1663 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 PIK3R4Q99570 1358 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 MS4A1P11836 297 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 METP08581 1390 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 ARHGAP23Q9P227 1491 aa9.79□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 WAPLQ7Z5K2 1190 aa9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 APAF1O14727 1248 aa9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP9.78□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 WDR63Q8IWG1 891 aa9.77□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 SLC26A8Q96RN1 970 aa9.77□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 MYH16Q9H6N6 1097 aa9.77□□□□□ -0.84
USP54-210ENST00000466048 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP9.77□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CCDC146Q8IYE0 955 aa9.77□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 KIF20BQ96Q89 1820 aa9.77□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CCDC27Q2M243 656 aa9.77□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 PIP4K2BP78356 416 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 SLFN5Q08AF3 891 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 GGNBP2Q9H3C7 697 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ADGRB2O60241 1585 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 FYB1O15117 783 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 PTCH1Q13635 1447 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 MSH6P52701 1360 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ESCO1Q5FWF5 840 aa9.76□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa9.75□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP9.75□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa9.75□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP9.75□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ZNF521Q96K83 1311 aa9.75□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CPSF1Q10570 1443 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 AATKQ6ZMQ8 1374 aa9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CDCA7LQ96GN5 454 aa9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP9.74□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 LTKP29376 864 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ITSN1Q15811 1721 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 TCP11L2Q8N4U5 519 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 HDAC5Q9UQL6 1122 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 CD163L1Q9NR16 1453 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 AAMPQ13685 434 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 DUSP27Q5VZP5 1158 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 TTC21AQ8NDW8 1320 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 PLEKHG3A1L390 1219 aa9.73□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 GOLGA6L22H0YM25 854 aa9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 FCHSD2O94868 740 aa9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ROBO2Q9HCK4 1378 aa9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 WWC1Q8IX03 1113 aa9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 ANKARQ7Z5J8 1434 aa9.72□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 IL16Q14005 1332 aa9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 NEUROD2Q15784 382 aa9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.85
USP54-210ENST00000466048 NLRP6P59044 892 aa9.71□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 KCNH5Q8NCM2 988 aa9.71□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP9.71□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 SHPRHQ149N8 1683 aa9.71□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 C1orf141Q5JVX7 400 aa9.71□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 PNPLA6Q8IY17 1366 aa9.7□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa9.7□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP9.7□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 MON2Q7Z3U7 1717 aa9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 ABTB2Q8N961 1025 aa9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 IQSEC2Q5JU85 1478 aa9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 AKAP12Q02952 1782 aa9.69□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa9.68□□□□□ -0.86
USP54-210ENST00000466048 PDE3AQ14432 1141 aa9.68□□□□□ -0.86
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.2 ms