RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 ONECUT3O60422 494 aaPredicted RBP30.37■■■□□ 2.45
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF1Q3BBV0 1214 aa30.37■■■□□ 2.45
LIMS1-208ENST00000428064 PHRF1Q9P1Y6 1649 aaKnown RBP30.36■■■□□ 2.45
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHG5O94827 1062 aa30.35■■■□□ 2.45
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC61Q9Y6R9 512 aa30.34■■■□□ 2.45
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHG3A1L390 1219 aa30.32■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP30.32■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 QRICH2Q9H0J4 1663 aa30.32■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP30.31■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 SEPT12Q8IYM1 358 aa30.31■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 BTG4Q9NY30 223 aa30.31■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa30.31■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 BLMP54132 1417 aaPredicted RBP30.3■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 ACEP12821 1306 aa30.29■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP30.29■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 L3MBTL2Q969R5 705 aa30.28■■■□□ 2.44
LIMS1-208ENST00000428064 NBPF8Q3BBV2 869 aa30.26■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 NRKQ7Z2Y5 1582 aa30.24■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa30.23■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 PRDM11Q9NQV5 511 aa30.23■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP30.23■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 KRT27Q7Z3Y8 459 aa30.22■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA0232Q92628 1395 aa30.22■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 THSD7AQ9UPZ6 1657 aa30.22■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31A5Q5VU36 1347 aa30.21■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31A7Q8IWB4 1347 aa30.21■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP30.2■■■□□ 2.43
LIMS1-208ENST00000428064 SIN3AQ96ST3 1273 aa30.19■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 FAM98CQ17RN3 349 aaKnown RBP30.18■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 USP19O94966 1318 aa30.18■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 CABP2Q9NPB3 220 aa30.16■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 ZRANB1Q9UGI0 708 aa30.16■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 CPDO75976 1380 aa30.15■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 LMO7Q8WWI1 1683 aa30.14■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 ABTB2Q8N961 1025 aa30.14■■■□□ 2.42
LIMS1-208ENST00000428064 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP30.14■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa30.13■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 USP6P35125 1406 aa30.13■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 A0A0G2JS52 829 aa30.12■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 MYT1Q01538 1121 aa30.12■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP30.12■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2GQ5VZR2 741 aa30.12■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP30.11■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa30.11■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 EVC2Q86UK5 1308 aa30.11■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 NEUROD1Q13562 356 aa30.1■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 CHRNA2Q15822 529 aa30.1■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 RGPD1P0DJD0 1748 aa30.09■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 NLRP13Q86W25 1043 aa30.09■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 SSH2Q76I76 1423 aa30.08■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 CAMTA1Q9Y6Y1 1673 aa30.07■■■□□ 2.41
LIMS1-208ENST00000428064 CABP1Q9NZU7 370 aa30.07■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 SLIT3O75094 1523 aa30.06■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 DEFB132Q7Z7B7 95 aa30.06■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 PIK3C2AO00443 1686 aa30.04■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 GCP02774 474 aa30.04■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 AKAP12Q02952 1782 aa30.04■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa30.03■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 STRN4Q9NRL3 753 aa30.03■■■□□ 2.4
LIMS1-208ENST00000428064 BARGINQ6ZT62 677 aa30.01■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 TNS1Q9HBL0 1735 aaKnown RBP30.01■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 COL5A2P05997 1499 aaPredicted RBP30■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 BAG6P46379 1132 aa30■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 DISP2A7MBM2 1401 aa29.99■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 EVA1CP58658 441 aa29.98■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP29.97■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 CPSF1Q10570 1443 aaKnown RBP29.96■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 NLRP6P59044 892 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 AATKQ6ZMQ8 1374 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 LARP1Q6PKG0 1096 aaKnown RBP29.95■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 THRAP3Q9Y2W1 955 aaKnown RBP29.95■■■□□ 2.39
LIMS1-208ENST00000428064 PARP4Q9UKK3 1724 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 TCP11L2Q8N4U5 519 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 MON2Q7Z3U7 1717 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 COL18A1P39060 1754 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 FAM182BQ5T319 152 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 TTC21AQ8NDW8 1320 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 TONSLQ96HA7 1378 aa29.91■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 CRB1P82279 1406 aa29.91■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 FAM196AQ6ZSG2 479 aa29.91■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 USP35Q9P2H5 1018 aa29.91■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa29.91■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 CARD11Q9BXL7 1154 aa29.89■■■□□ 2.38
LIMS1-208ENST00000428064 USP54Q70EL1 1684 aa29.88■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 LRP5O75197 1615 aa29.87■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 KCNH5Q8NCM2 988 aa29.86■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP29.86■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC6O95255 1503 aa29.86■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 PDE3BQ13370 1112 aa29.85■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP29.84■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 NFAT5O94916 1531 aa29.84■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 WNK3Q9BYP7 1800 aa29.84■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 PARD3Q8TEW0 1356 aa29.83■■■□□ 2.37
LIMS1-208ENST00000428064 CD163L1Q9NR16 1453 aa29.82■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF25Q86VW2 580 aa29.82■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 LRRC37A3O60309 1634 aa29.82■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP29.8■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM37O94972 964 aa29.8■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 PEAK1Q9H792 1746 aa29.79■■■□□ 2.36
LIMS1-208ENST00000428064 RREB1Q92766 1687 aa29.79■■■□□ 2.36
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