RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	CACNG3	O60359	315 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TJP3	O95049	919 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ATP1A1	P05023	1023 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PYGM	P11217	842 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TCP1	P17987	556 aa	Known RBP	12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ERCC2	P18074	760 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PTPN7	P35236	360 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MMRN1	Q13201	1228 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF211	Q13398	564 aa	Predicted RBP	12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DPYS	Q14117	519 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ALF	Q53S48	1182 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KAZN	Q674X7	775 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	C1orf228	Q6PIY5	440 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MFSD7	Q6UXD7	560 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SYT10	Q6XYQ8	523 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SETD3	Q86TU7	594 aa	Predicted RBP	12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	UBALD2	Q8IYN6	164 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	LZTR1	Q8N653	840 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MSANTD3	Q96H12	275 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PBK	Q96KB5	322 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF157	Q96PX1	679 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MUC3B	Q9H195	1237 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	C8orf33	Q9H7E9	229 aa	Predicted RBP	12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ARHGEF4	Q9NR80	690 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC2A4RG	Q9NR83	387 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM248	Q9NWD8	314 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DEC1	Q9P2X7	70 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SNX12	Q9UMY4	172 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	EFR3B	Q9Y2G0	817 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PIAS3	Q9Y6X2	628 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		12.87	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	C5orf42	Q9H799	3197 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	C3orf70	A6NLC5	250 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ESPN	B1AK53	854 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CEP104	O60308	925 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RAMP2	O60895	175 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CNTN5	O94779	1100 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RHOC	P08134	193 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	GLUL	P15104	373 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CXCR5	P32302	372 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	GJA4	P35212	333 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	EIF2D	P41214	584 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DGKG	P49619	791 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	IRAK1	P51617	712 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DYNLT1	P63172	113 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC12A1	Q13621	1099 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF783	Q6ZMS7	281 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RALGPS2	Q86X27	583 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF354C	Q86Y25	554 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF135	Q8IUD6	432 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NAT16	Q8N8M0	369 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PCDH19	Q8TAB3	1148 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF592	Q92610	1267 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	FAF2	Q96CS3	445 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MYEOV	Q96EZ4	313 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	OSBPL9	Q96SU4	736 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NAP1L3	Q99457	506 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	OSBPL8	Q9BZF1	889 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KIAA1522	Q9P206	1035 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	FBXL21	Q9UKT6	434 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NEU3	Q9UQ49	428 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SAR1B	Q9Y6B6	198 aa		12.86	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DOCK8	Q8NF50	2099 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	hCG_1818297	A0A087WSY0	165 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ILVBL	A1L0T0	632 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	WASH4P	A8MWX3	477 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CES2	O00748	559 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CST8	O60676	142 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT10	P13645	584 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TGM2	P21980	687 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	AMPD1	P23109	780 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	IL4R	P24394	825 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NDST2	P52849	883 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	POLD3	Q15054	466 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TAZ	Q16635	292 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PARP15	Q460N3	678 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	BZW1	Q7L1Q6	419 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NLRP14	Q86W24	1093 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	FIBIN	Q8TAL6	211 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MAIP1	Q8WWC4	291 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	P3H4	Q92791	437 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	HEMGN	Q9BXL5	484 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	HEBP1	Q9NRV9	189 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ABCB8	Q9NUT2	735 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	VPS28	Q9UK41	221 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	HPCAL4	Q9UM19	191 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TBC1D30	Q9Y2I9	924 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	HEY1	Q9Y5J3	304 aa		12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	COL6A3	P12111	3177 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ARHGAP42	A6NI28	874 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SPECC1L-ADORA2A	F8WAN1	911 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DFFA	O00273	331 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DCLK1	O15075	740 aa		12.84	□□□□□ -0.35

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