RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR1E	Q9GZS1	481 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBA8	Q9NY65	449 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC24A2	Q9UI40	661 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SNTN	A6NMZ2	147 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LIN7A	O14910	233 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ADH1A	P07327	375 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	USP41	Q3LFD5	358 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ALF	Q53S48	1182 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF470	Q6ECI4	717 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO25	Q8TCJ0	367 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MAGEB18	Q96M61	343 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL25	Q9H0H3	589 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2A1L	Q9UNN4	478 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HDC	P19113	662 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GRK2	P25098	689 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MIP	P30301	263 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ILF2	Q12905	390 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GRTP1	Q5TC63	336 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PLPPR4	Q7Z2D5	763 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LACRT	Q9GZZ8	138 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	BLOC1S4	Q9NUP1	217 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PIH1D1	Q9NWS0	290 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	POLG2	Q9UHN1	485 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CD52	P31358	61 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SPANXN3	Q5MJ09	141 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO39	Q8N4B4	442 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIN3A	Q8TCU5	1115 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CXorf40A	Q8TE69	158 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LPP	Q93052	612 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF21B	Q96EK2	531 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CAAP1	Q9H8G2	361 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CDH9	Q9ULB4	789 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SHOC2	Q9UQ13	582 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ADGRB1	O14514	1584 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SRRM3	A6NNA2	597 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF839	A8K0R7	811 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TISP43	B9A030	160 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NFIC	P08651	508 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TARS	P26639	723 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2E2	P29084	291 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP2R1B	P30154	601 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ACAP1	Q15027	740 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB118	Q96PH6	123 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3GL1	Q99961	368 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SYBU	Q9NX95	663 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMD10	O75832	226 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	VAPB	O95292	243 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF682	O95780	498 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAR	P55265	1226 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	NUP107	P57740	925 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	KRR1	Q13601	381 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR141	Q7Z602	305 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	WNT8B	Q93098	351 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	MPP4	Q96JB8	637 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3BP4	Q9P0V3	963 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	TLL1	O43897	1013 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	USP1	O94782	785 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	GSTM1	P09488	218 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	NPR3	P17342	541 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	TYMP	P19971	482 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	NOS2	P35228	1153 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CLK1	P49759	484 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	PDPK2P	Q6A1A2	396 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA1324	Q6UXG2	1013 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf186	Q6ZWK4	172 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAPPC5	Q8IUR0	188 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CROCCP3	Q8IVE0	287 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	VAT1	Q99536	393 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	OSBPL10	Q9BXB5	764 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC7	Q9H6L4	198 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	NMRAL1	Q9HBL8	299 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	RXFP1	Q9HBX9	757 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	C2CD2	Q9Y426	696 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	IQGAP1	P46940	1657 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CLPTM1	O96005	669 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	GP5	P40197	560 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ELK3	P41970	407 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	AQP5	P55064	265 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC142	Q17RM4	750 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	APBB2	Q92870	758 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	REPS1	Q96D71	796 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	GORASP1	Q9BQQ3	440 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ST3GAL5	Q9UNP4	418 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	ATXN2	Q99700	1313 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	FGF10	O15520	208 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CSH1	P0DML2	217 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-215	ENST00000496447	CSH2	P0DML3	217 aa		13.39	□□□□□ -0.27

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