RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489853.1

SNRNP40-206, Transcript of small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 40, human

TSL 2

Gene SNRNP40, Length 1,928 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNRNP40-206	ENST00000489853	VPS35	Q96QK1	796 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PAFAH2	Q99487	392 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	COQ7	Q99807	217 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PKP2	Q99959	881 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	EFHD1	Q9BUP0	239 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	YTHDF1	Q9BYJ9	559 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	BCO2	Q9BYV7	579 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ANKRD60	Q9BZ19	345 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	OR2B2	Q9GZK3	357 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GPR88	Q9GZN0	384 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	NYX	Q9GZU5	481 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ACSS3	Q9H6R3	686 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	NANOG	Q9H9S0	305 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	HMG20A	Q9NP66	347 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ANLN	Q9NQW6	1124 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GINM1	Q9NU53	330 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	HACD3	Q9P035	362 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	MOSPD1	Q9UJG1	213 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	AGO2	Q9UKV8	859 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853		A0A0B4J269	797 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	DENND3	A2RUS2	1198 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	C7orf72	A4D263	438 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	FOXN3	O00409	490 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	COPE	O14579	308 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	HOXC11	O43248	304 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	TMCC2	O75069	709 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SNN	O75324	88 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	AKAP3	O75969	853 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	NTRK1	P04629	796 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	UGT2B4	P06133	528 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	KRT5	P13647	590 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GYS1	P13807	737 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	NAGA	P17050	411 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	IL32	P24001	234 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	MAP4	P27816	1152 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	L1CAM	P32004	1257 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PHKA1	P46020	1223 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CDH15	P55291	814 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PHC1	P78364	1004 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	BASP1	P80723	227 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	OTUD4	Q01804	1114 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GNA12	Q03113	381 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	TUBB3	Q13509	450 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	IKBKE	Q14164	716 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SELPLG	Q14242	412 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CALCRL	Q16602	461 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	INSC	Q1MX18	579 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	DCAF17	Q5H9S7	520 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	FSCB	Q5H9T9	825 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	HYI	Q5T013	277 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ATAD3B	Q5T9A4	648 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	DENND5B	Q6ZUT9	1274 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GSTA5	Q7RTV2	222 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	KCNK18	Q7Z418	384 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PCGF5	Q86SE9	256 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	NUDCD3	Q8IVD9	361 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	TPH2	Q8IWU9	490 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PEX13	Q92968	403 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	TRIM63	Q969Q1	353 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SDCCAG3	Q96C92	435 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SH3YL1	Q96HL8	342 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	C8orf48	Q96LL4	319 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SNX18	Q96RF0	628 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	FGFBP2	Q9BYJ0	223 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CLPB	Q9H078	707 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CHRD	Q9H2X0	955 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	TRIT1	Q9H3H1	467 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	RUBCNL	Q9H714	662 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	GPN2	Q9H9Y4	310 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CYP4F11	Q9HBI6	524 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	CPNE5	Q9HCH3	593 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	C6orf50	Q9HD87	102 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	AVEN	Q9NQS1	362 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	LATS2	Q9NRM7	1088 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PARVA	Q9NVD7	372 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	IL20	Q9NYY1	176 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	SIRPG	Q9P1W8	387 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	USP21	Q9UK80	565 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-206	ENST00000489853	PSME2	Q9UL46	239 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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