RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000513284.5

RNF4-218, Transcript of ring finger protein 4, human

TSL 4

Gene RNF4, Length 517 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RNF4-218	ENST00000513284	BHLHA9	Q7RTU4	235 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	AHI1	Q8N157	1196 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	OXR1	Q8N573	874 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	OR4C6	Q8NH72	309 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	PARD3B	Q8TEW8	1205 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	TTC17	Q96AE7	1141 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	DUSP16	Q9BY84	665 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	FAM117A	Q9C073	453 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	FZD4	Q9ULV1	537 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	NBPF19	A0A087WUL8	3843 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RNF4-218	ENST00000513284	GOLGA6L7	A0A1B0GV03	622 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TTC34	A8MYJ7	566 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	EIF3D	O15371	548 aa	Known RBP eCLIP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	LZTS3	O60299	673 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ATP5B	P06576	529 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	GOT1	P17174	413 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	POLR2E	P19388	210 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	DGKA	P23743	735 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	METAP1	P53582	386 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ADPRH	P54922	357 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CLN3	Q13286	438 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	BIRC3	Q13489	604 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ARID5B	Q14865	1188 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ISX	Q2M1V0	245 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	PPP1R26	Q5T8A7	1209 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ZNF574	Q6ZN55	896 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TMC6	Q7Z403	805 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	OR14C36	Q8NHC7	312 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	MYEOV	Q96EZ4	313 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	DEPDC7	Q96QD5	511 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	OMD	Q99983	421 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	THSD1	Q9NS62	852 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SATB2	Q9UPW6	733 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CA5B	Q9Y2D0	317 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CDRT15L2	A8MXV6	281 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ASS1	P00966	412 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TGM2	P21980	687 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	DRD3	P35462	400 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CTSO	P43234	321 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	YWHAG	P61981	247 aa	Known RBP eCLIP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	INCA1	Q0VD86	236 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CUL4A	Q13619	759 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	RAB41	Q5JT25	222 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ADGRF1	Q5T601	910 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	PM20D1	Q6GTS8	502 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	NAPEPLD	Q6IQ20	393 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	RFWD3	Q6PCD5	774 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CCDC81	Q6ZN84	652 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ATG14	Q6ZNE5	492 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	IQCH	Q86VS3	1027 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	NELFCD	Q8IXH7	590 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	FAM131C	Q96AQ9	280 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	PLD4	Q96BZ4	506 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	APOLD1	Q96LR9	279 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CDK5RAP1	Q96SZ6	601 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SLCO3A1	Q9UIG8	710 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	MORC2	Q9Y6X9	1032 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	KIF26B	Q2KJY2	2108 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3D	A0A087WVF3	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3I	A0A087WXS9	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3E	A0A087X179	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3K	A0A087X1G2	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TARSL2	A2RTX5	802 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3F	A6NER0	549 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3L	B9A6J9	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	STX6	O43752	255 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	NOBOX	O60393	691 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	KIF20A	O95235	890 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3H	P0C7X1	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	GP1BB	P13224	206 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	MAT2A	P31153	395 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SLC6A4	P31645	630 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	CSK	P41240	450 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	DAB2	P98082	770 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	AMPD3	Q01432	767 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SRSF6	Q13247	344 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	UBAP2L	Q14157	1087 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	ZACN	Q401N2	412 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SLC45A4	Q5BKX6	768 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	FSCB	Q5H9T9	825 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	C3orf38	Q5JPI3	329 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	C6orf132	Q5T0Z8	1188 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	PIK3R6	Q5UE93	754 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3G	Q6DHY5	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3C	Q6IPX1	549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	RAB11FIP1	Q6WKZ4	1283 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	MMS22L	Q6ZRQ5	1243 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	SND1	Q7KZF4	910 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	C12orf56	Q8IXR9	622 aa		11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	TBC1D3	Q8IZP1	549 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
RNF4-218	ENST00000513284	STK40	Q8N2I9	435 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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