RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 SPACA7Q96KW9 195 aa21.42■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 GABRG3Q99928 467 aa21.42■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP21.42■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 BCCIPQ9P287 314 aaKnown RBP eCLIP21.42■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 PLXND1Q9Y4D7 1925 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 PRRT4C9JH25 899 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 MOCS2O96007 188 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 RETP07949 1114 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 STARD3Q14849 445 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 IQCB1Q15051 598 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 TAF5Q15542 800 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ELF2Q15723 593 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ACBD5Q5T8D3 534 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM102AQ5T9C2 384 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 TTC39BQ5VTQ0 682 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 TMEM92Q6UXU6 159 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 SND1Q7KZF4 910 aaKnown RBP eCLIP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 AHI1Q8N157 1196 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 DDX51Q8N8A6 666 aaKnown RBP eCLIP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 FASTKD2Q9NYY8 710 aaKnown RBP eCLIP21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 USP34Q70CQ2 3546 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 OTOGLQ3ZCN5 2332 aa21.41■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 DMDP11532 3685 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 A0A1W2PQC6 194 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 TCRBV21S2A2A0A5A6 115 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 GOLGA6L19H0YKK7 550 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 FOXD2O60548 495 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 TBL1XO60907 577 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ADAM23O75077 832 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 GRAP2O75791 330 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 F9P00740 461 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 SERPINC1P01008 464 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 CYP1A1P04798 512 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 FERP16591 822 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 FMO1Q01740 532 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 EIF4EBP2Q13542 120 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 GEN1Q17RS7 908 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ZC3H12AQ5D1E8 599 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 NAA35Q5VZE5 725 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ARCQ7LC44 396 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 CHSY1Q86X52 802 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 XYLT1Q86Y38 959 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 MFN1Q8IWA4 741 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 MDGA1Q8NFP4 955 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 ELOVL2Q9NXB9 296 aa21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 THAP10Q9P2Z0 257 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
CCDC88C-210ENST00000555995 KCNU1A8MYU2 1149 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 F5H5T6 163 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 RHOBTB1O94844 696 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC6A4P31645 630 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 NSFP46459 744 aaKnown RBP21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 MS4A13Q5J8X5 152 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 BRMS1LQ5PSV4 323 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 RABGAP1LQ5R372 815 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 NADSYN1Q6IA69 706 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PPP1R2P3Q6NXS1 205 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 RFWD3Q6PCD5 774 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC20A1Q8WUM9 679 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PGAP3Q96FM1 320 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 ZC3H10Q96K80 434 aaKnown RBP21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CIPCQ9C0C6 399 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 POLR3BQ9NW08 1133 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 GGA2Q9UJY4 613 aa21.39■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PTPRZ1P23471 2315 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 A0A1B0GTH6 734 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 ATP5BP06576 529 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PABPC1P11940 636 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 HLA-FP30511 346 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 SRSF5Q13243 272 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CDH18Q13634 790 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PGBD3Q8N328 593 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM160A2Q8N612 972 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 HMGB4Q8WW32 186 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CPA5Q8WXQ8 436 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 P2RY11Q96G91 374 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PRICKLE1Q96MT3 831 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 TPSD1Q9BZJ3 242 aa21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 NUCKS1Q9H1E3 243 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 SYNJ2BP-COX16A0A087WUM0 186 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 M0QYT0 321 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 MOCS3O95396 460 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 TACR2P21452 398 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 MMP8P22894 467 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 OXCT1P55809 520 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CENPCQ03188 943 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 NME3Q13232 169 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 ENPP2Q13822 863 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC25A52Q3SY17 297 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 KIAA0907Q7Z7F0 614 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 LGI2Q8N0V4 545 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 OLIG1Q8TAK6 271 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 FIBINQ8TAL6 211 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 IQCDQ96DY2 449 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 NPY6RQ99463 290 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CBX8Q9HC52 389 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 ZDHHC4Q9NPG8 344 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 ABCB8Q9NUT2 735 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 CACNA2D2Q9NY47 1150 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 COX16Q9P0S2 106 aa21.37■■□□□ 1.01
CCDC88C-210ENST00000555995 PLA2G4CQ9UP65 541 aa21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.5 ms