RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472880.1

COL9A3-210, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 3

Gene COL9A3, Length 959 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-210ENST00000472880 PPM1KQ8N3J5 372 aa20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MINDY1Q8N5J2 469 aa20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ZNF419Q96HQ0 510 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 DHTKD1Q96HY7 919 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MKRN2Q9H000 416 aaKnown RBP20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 USP36Q9P275 1121 aaKnown RBP20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CLEC4EQ9ULY5 219 aa20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PCDHB4Q9Y5E5 795 aa20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ADAMTS9Q9P2N4 1935 aa20.63■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PI4KAP42356 2102 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MEI4A8MW99 385 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ARHGAP33O14559 1287 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TSPAN3O60637 253 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 LATS1O95835 1130 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 GNSP15586 552 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 HOXD9P28356 352 aaPredicted RBP20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 DAOAP59103 153 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CETN1Q12798 172 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SEMA3BQ13214 749 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PLEKHG6Q3KR16 790 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ISM2Q6H9L7 571 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 LCLAT1Q6UWP7 414 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SCML4Q8N228 414 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PRCCQ92733 491 aaPredicted RBP20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SIPA1Q96FS4 1042 aa20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TOE1Q96GM8 510 aaKnown RBP20.62■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 UPK3BL1B0FP48 263 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 UPK3BL2E5RIL1 263 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 M0QYV0 167 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MSI1O43347 362 aaKnown RBP20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TIMM44O43615 452 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 EPHX1P07099 455 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ACADMP11310 421 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PRKCHP24723 683 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 RGS7P49802 495 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 STILQ15468 1287 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PKDCCQ504Y2 493 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 KLHL10Q6JEL2 608 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CACUL1Q86Y37 369 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TMPRSS6Q8IU80 811 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 WFIKKN2Q8TEU8 576 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SORCS1Q8WY21 1168 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TFAP2BQ92481 460 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 GPR174Q9BXC1 333 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ITM2CQ9NQX7 267 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 WSB2Q9NYS7 404 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MAN1B1Q9UKM7 699 aa20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 WDR3Q9UNX4 943 aaKnown RBP eCLIP20.61■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ASCC3Q8N3C0 2202 aaKnown RBP20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PMM2O15305 246 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PROS1P07225 676 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 NCAM1P13591 858 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SPINK2P20155 84 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 OXTRP30559 389 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TPMTP51580 245 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ADGRF1Q5T601 910 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TMEM215Q68D42 235 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MSANTD2Q6P1R3 559 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 UNQ6494/PRO21346Q6UXR6 183 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PIP4P1Q86T03 277 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 RBBP8NLQ8NC74 664 aaPredicted RBP20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 OR2I1PQ8NGU4 316 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 IRGQQ8WZA9 623 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 GOLGA1Q92805 767 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TMA16Q96EY4 203 aaKnown RBP20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 STOML2Q9UJZ1 356 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 WASF3Q9UPY6 502 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CKAP5Q14008 2032 aa20.6■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 BICDL2A1A5D9 508 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PIK3R2O00459 728 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 P4HA2O15460 535 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CD44P16070 742 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 BRD2P25440 801 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 MAOBP27338 520 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 HLA-FP30511 346 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 COPAP53621 1224 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SIM1P81133 766 aaPredicted RBP20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 FNDC3BQ53EP0 1204 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CADM4Q8NFZ8 388 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SLC35F5Q8WV83 523 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ADAM33Q9BZ11 813 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CTNND2Q9UQB3 1225 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 USP24Q9UPU5 2620 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 GON4LQ3T8J9 2241 aa20.59■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SPAARA0A1B0GVQ0 90 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 C1QTNF9BB2RNN3 333 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 KCNJ18B7U540 433 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 LTFP02788 710 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 C1QTNF9P0C862 333 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 SLC11A2P49281 568 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CNGA2Q16280 664 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 NUGGCQ68CJ6 796 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 TTI2Q6NXR4 508 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 PMF1Q6P1K2 205 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 CHST9Q7L1S5 443 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 ELOA2Q8IYF1 753 aaPredicted RBP20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 AHI1Q8N157 1196 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 NELFBQ8WX92 580 aa20.58■□□□□ 0.89
COL9A3-210ENST00000472880 KAT5Q92993 513 aa20.58■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.9 ms