RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ZNF385C	Q66K41	422 aa	Predicted RBP	9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	KRT39	Q6A163	491 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	C11orf57	Q6ZUT1	292 aa	Predicted RBP	9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ITIH5	Q86UX2	942 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	AOPEP	Q8N6M6	819 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	STKLD1	Q8NE28	680 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TTC16	Q8NEE8	873 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	LOXL4	Q96JB6	756 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SENP8	Q96LD8	212 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	CGRRF1	Q99675	332 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SLC46A2	Q9BY10	475 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	IMPG2	Q9BZV3	1241 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TASP1	Q9H6P5	420 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	INTS13	Q9NVM9	706 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	FANCL	Q9NW38	375 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	THG1L	Q9NWX6	298 aa	Known RBP	9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	OBP2A	Q9NY56	170 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SCHIP1	Q9P0W5	487 aa	Predicted RBP	9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	AGAP1	Q9UPQ3	857 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	CCL26	Q9Y258	94 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	INVS	Q9Y283	1065 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ASB3	Q9Y575	518 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	PTPRB	P23467	1997 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SHROOM3	Q8TF72	1996 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	NBEA	Q8NFP9	2946 aa		9.29	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ZFYVE26	Q68DK2	2539 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	C4orf47	A7E2U8	309 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ18	B7U540	433 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	FAM189A1	O60320	539 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SERPINC1	P01008	464 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ITGB3	P05106	788 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	PROS1	P07225	676 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	P4HA1	P13674	534 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ARSA	P15289	507 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ATF6	P18850	670 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	EEF1G	P26641	437 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	NOVA1	P51513	510 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	RUNX3	Q13761	415 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	COL9A2	Q14055	689 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ12	Q14500	433 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	VEPH1	Q14D04	833 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB6	Q15916	424 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SV2C	Q496J9	727 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	PLK5	Q496M5	336 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	HSP90AA4P	Q58FG1	418 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	METTL23	Q86XA0	190 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SVOP	Q8N4V2	548 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	OR10T2	Q8NGX3	314 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	CHFR	Q96EP1	664 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	CNOT6L	Q96LI5	555 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ZNF560	Q96MR9	790 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	GCNA	Q96QF7	691 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TUBGCP2	Q9BSJ2	902 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	EDEM2	Q9BV94	578 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	OXCT2	Q9BYC2	517 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	DUSP15	Q9H1R2	295 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	FBRSL1	Q9HCM7	1045 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	HPS4	Q9NQG7	708 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	SAMSN1	Q9NSI8	373 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	PLXNB3	Q9ULL4	1909 aa		9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	TP53BP1	Q12888	1972 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	CACNA1E	Q15878	2313 aa		9.27	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	DSP	P15924	2871 aa	Known RBP	9.27	□□□□□ -0.92
USP4-213	ENST00000488520	DMXL2	Q8TDJ6	3036 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ATG13	O75143	517 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	FGF19	O95750	216 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TPM3	P06753	285 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	NFIC	P08651	508 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ODC1	P11926	461 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TYMP	P19971	482 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MX2	P20592	715 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CDC25C	P30307	473 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ATIC	P31939	592 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GBP1	P32455	592 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GCLM	P48507	274 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TAF6	P49848	677 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GALK1	P51570	392 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	EPHA4	P54764	986 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LILRA4	P59901	499 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ZNF445	P59923	1031 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TNNC1	P63316	161 aa		9.27	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TCP11X2	Q5H9J9	407 aa		9.27	□□□□□ -0.93

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