RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	ADNP	Q9H2P0	1102 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	OSGEPL1	Q9H4B0	414 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	H2AFY2	Q9P0M6	372 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BARX2	Q9UMQ3	279 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DAB1	O75553	588 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CCR1	P32246	355 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ITIH4	Q14624	930 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ISCU	Q9H1K1	167 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SEMA6B	Q9H3T3	888 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NCF1B	A6NI72	391 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SDR42E2	A6NKP2	422 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NCF1C	A8MVU1	366 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NCF1	P14598	390 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDR1	Q08345	913 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC4F	Q8N1N0	589 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PGLYRP2	Q96PD5	576 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IGFLR1	Q9H665	355 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MYPN	Q86TC9	1320 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A087X0T9	212 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM228B	P0C875	321 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TPP2	P29144	1249 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SCTR	P47872	440 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BEX3	Q00994	111 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PPM1L	Q5SGD2	360 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	EDEM1	Q92611	657 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KAT2B	Q92831	832 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNK16	Q96T55	309 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IL1RL2	Q9HB29	575 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NWD1	Q149M9	1564 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BCL9	O00512	1426 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM120B	A0PK00	339 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ADCY3	O60266	1144 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT8	P05787	483 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPC1	P48995	793 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SKOR1	P84550	965 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	OTUD4	Q01804	1114 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SV2A	Q7L0J3	742 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	HORMAD1	Q86X24	394 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RBBP8	Q99708	897 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SENP6	Q9GZR1	1112 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LNPEP	Q9UIQ6	1025 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PNMA8B	Q9ULN7	279 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF3L	Q9Y262	564 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPC5OS	A6NMA1	111 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINI2	O75830	405 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	JCHAIN	P01591	159 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GRK3	P35626	688 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ERF	P50548	548 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SCNN1B	P51168	640 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TBX4	P57082	545 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPP	Q6IPU0	288 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	EMC1	Q8N766	993 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CASP10	Q92851	521 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SMARCD1	Q96GM5	515 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZIM3	Q96PE6	472 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IL17RB	Q9NRM6	502 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SUPT7L	O94864	414 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM16	O95361	564 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	APOA1	P02647	267 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GZMA	P12544	262 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MLN	P12872	115 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RRM1	P23921	792 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMC6	P62333	389 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RETSAT	Q6NUM9	610 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRNP27	Q8WVK2	155 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ATG4A	Q8WYN0	398 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CMTM5	Q96DZ9	223 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MANSC1	Q9H8J5	431 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IARS2	Q9NSE4	1012 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	L1RE1	Q9UN81	338 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TFR2	Q9UP52	801 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DYRK1B	Q9Y463	629 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NQO1	P15559	274 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPRA	P18433	802 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NDST1	P52848	882 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	INHBE	P58166	350 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MYBPC2	Q14324	1141 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CACHD1	Q5VU97	1274 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF21A	Q96BD5	680 aa		13.54	□□□□□ -0.24

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