RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG3L1	P0CL83	205 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT5	P13647	590 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCB4	P21439	1286 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MMP8	P22894	467 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXA11	P31270	313 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GRK4	P32298	578 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MYL6	P60660	151 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	C2orf54	Q08AI8	447 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	INCA1	Q0VD86	236 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB6	Q15916	424 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NKG7	Q16617	165 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP1B1	Q16678	543 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	XKR4	Q5GH76	650 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	EMB	Q6PCB8	327 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TLK2	Q86UE8	772 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT222	Q8N1A0	295 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NME8	Q8N427	588 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MREG	Q8N565	214 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ARMC5	Q96C12	935 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF653	Q96CK0	615 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SHD	Q96IW2	340 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NAP1L3	Q99457	506 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RHOXF2	Q9BQY4	288 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSWIM1	Q9BR11	485 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TCHP	Q9BT92	498 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	WNT10A	Q9GZT5	417 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LHX5	Q9H2C1	402 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CISH	Q9NSE2	258 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CTTNBP2NL	Q9P2B4	639 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	STRIP2	Q9ULQ0	834 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NOC2L	Q9Y3T9	749 aa	Known RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHA3	Q9Y5H8	950 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247		U3KQE9	123 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LACTBL1	A8MY62	500 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PROSC	O94903	275 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	VTN	P04004	478 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM163B	P0C2L3	166 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM191B	P0C7N4	346 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CXCL8	P10145	99 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYBA	P13498	195 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR1A1	P14550	325 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CXCR5	P32302	372 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	USP8	P40818	1118 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	EPHB4	P54760	987 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GJA9	P57773	515 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	IGBP1	P78318	339 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PURA	Q00577	322 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TAP1	Q03518	808 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPC3	Q13507	836 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CUL1	Q13616	776 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CASP8	Q14790	479 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF699	Q32M78	642 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LIN9	Q5TKA1	542 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC38	Q5VT99	294 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TAF3	Q5VWG9	929 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	C8orf74	Q6P047	294 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	OGFOD3	Q6PK18	319 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM270	Q6UE05	265 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DPH6	Q7L8W6	267 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LIMS2	Q7Z4I7	341 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SESTD1	Q86VW0	696 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	IFT20	Q8IY31	132 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	THNSL1	Q8IYQ7	743 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC52	Q8N7C0	313 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	UBL4B	Q8N7F7	174 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NIPA2	Q8N8Q9	360 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF606	Q8WXB4	792 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ALG3	Q92685	438 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLCO2A1	Q92959	643 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MS4A14	Q96JA4	679 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM84A	Q96KN4	292 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SNX27	Q96L92	541 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RUNDC3B	Q96NL0	473 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ADPGK	Q9BRR6	497 aa		5.87	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC1	Q9BTT6	524 aa		5.87	□□□□□ -1.47

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