RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000433888.5

PTPN4-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 954 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-205	ENST00000433888	CACHD1	Q5VU97	1274 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	PIM3	Q86V86	326 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	MPLKIP	Q8TAP9	179 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	JPH3	Q8WXH2	748 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	SUCLG2	Q96I99	432 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	B3GNT5	Q9BYG0	378 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	WWOX	Q9NZC7	414 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	CPNE7	Q9UBL6	633 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	RIMKLB	Q9ULI2	386 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	FZD4	Q9ULV1	537 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	MAFF	Q9ULX9	164 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	PAXBP1	Q9Y5B6	917 aa		4.59	□□□□□ -1.67
PTPN4-205	ENST00000433888	E2F8	A0AVK6	867 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888		A8MVJ9	347 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888		H3BNX3	289 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	AKAP10	O43572	662 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RGS10	O43665	173 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TULP3	O75386	442 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PTDSS1	P48651	473 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SUMO3	P55854	103 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	GPC5	P78333	572 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SEMA3A	Q14563	771 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	UBAP2	Q5T6F2	1119 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	DLK2	Q6UY11	383 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	USP49	Q70CQ1	688 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MMP21	Q8N119	569 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PNPLA1	Q8N8W4	532 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	LRGUK	Q96M69	825 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	HS6ST2	Q96MM7	605 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MLXIPL	Q9NP71	852 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF180	Q9UJW8	692 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SQOR	Q9Y6N5	450 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CKAP5	Q14008	2032 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888		B4DGG1	531 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	GTPBP1	O00178	669 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	FYB1	O15117	783 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RFPL1	O75677	317 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MYB	P10242	640 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	KLRC1	P26715	233 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MTHFS	P49914	203 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PGD	P52209	483 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ARHGEF7	Q14155	803 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RBMXL3	Q8N7X1	1067 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SMRP1	Q8NCR6	262 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	HIC2	Q96JB3	615 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM234A	Q9H0X4	552 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	HIPK2	Q9H2X6	1198 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SEMA4B	Q9NPR2	832 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	DKK4	Q9UBT3	224 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RRH	O14718	337 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MBP	P02686	304 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RAB27A	P51159	221 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	STIM1	Q13586	685 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	APOA5	Q6Q788	366 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	RUNDC1	Q96C34	613 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TM2D2	Q9BX73	214 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	AGO4	Q9HCK5	861 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	VPS51	Q9UID3	782 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	C16orf96	A6NNT2	1141 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ISM1	B1AKI9	464 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	FRS3	O43559	492 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PRAMEF2	O60811	474 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PIAS2	O75928	621 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CD19	P15391	556 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ADRA1D	P25100	572 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TACR3	P29371	465 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	ITGA8	P53708	1063 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	B4GALNT1	Q00973	533 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	FHL3	Q13643	280 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	C11orf44	Q8N8P7	122 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CDH19	Q9H159	772 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	SACM1L	Q9NTJ5	587 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	COL20A1	Q9P218	1284 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CAPN11	Q9UMQ6	739 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	L1RE1	Q9UN81	338 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	PPAN-P2RY11	A0A0B4J1V8	794 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	LOC105378220	A0A1B0GUY1	285 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-205	ENST00000433888	CAPN8	A6NHC0	703 aa		4.54	□□□□□ -1.68

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