RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	CAGE1	Q8TC20	777 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	SEC14L1	Q92503	715 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	KAT2B	Q92831	832 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	ANAPC16	Q96DE5	110 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	FERD3L	Q96RJ6	166 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	APBA2	Q99767	749 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	FUT8	Q9BYC5	575 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	THAP2	Q9H0W7	228 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	FBRS	Q9HAH7	460 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA5	Q9HAU0	1116 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	GDF3	Q9NR23	364 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKFY1	Q9P2R3	1169 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	LCMT1	Q9UIC8	334 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	AMFR	Q9UKV5	643 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	PCOLCE2	Q9UKZ9	415 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	COG5	Q9UP83	839 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	DERA	Q9Y315	318 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	C2CD2	Q9Y426	696 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	NUB1	Q9Y5A7	615 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		5.9	□□□□□ -1.46
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR81	Q562E7	1941 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	INO80B-WBP1	J3KQ70	363 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PGRMC1	O00264	195 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNK3	O14649	394 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	B4GALT5	O43286	388 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KPNA6	O60684	536 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR32	O75388	356 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF286B	P0CG31	522 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	HSPA6	P17066	643 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AXL	P30530	894 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MAN1A1	P33908	653 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CTNNA1	P35221	906 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFSF9	P41273	254 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC1A1	P43005	524 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CPT1A	P50416	773 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PEX5	P50542	639 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GSC	P56915	257 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TNNC1	P63316	161 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NOMO3	P69849	1222 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM193A	P78312	1265 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SREBF2	Q12772	1141 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	BIRC3	Q13489	604 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP9	Q49MG5	647 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC181	Q5TID7	509 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA7	Q6IQ23	1121 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CCNI2	Q6ZMN8	369 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF765	Q7L2R6	523 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	APBB1IP	Q7Z5R6	666 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DAAM2	Q86T65	1068 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RPAIN	Q86UA6	219 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TTC39C	Q8N584	583 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	AEN	Q8WTP8	325 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CAVIN3	Q969G5	261 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD36BP1	Q96IX9	119 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP4	Q96MN2	994 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	OSBPL1A	Q9BXW6	950 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	IMPG2	Q9BZV3	1241 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF518B	Q9C0D4	1074 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MTMR12	Q9C0I1	747 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	UPF3A	Q9H1J1	476 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	EPC1	Q9H2F5	836 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RPF1	Q9H9Y2	349 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FLRT1	Q9NZU1	646 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CPA4	Q9UI42	421 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	SIX4	Q9UIU6	781 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ZHX1	Q9UKY1	873 aa	Predicted RBP	5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHB14	Q9Y5E9	798 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	ALG6	Q9Y672	507 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	MYH11	P35749	1972 aa		5.89	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PLXNB2	O15031	1838 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A087WZ62	844 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TCRBV5S1A1T	A0A578	114 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC66	A2RUB6	948 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CA12	O43570	354 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP11	O75319	330 aa	Known RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	TNNC2	P02585	160 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	GJB1	P08034	283 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	PAEP	P09466	180 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	RHOXF2B	P0C7M4	288 aa		5.88	□□□□□ -1.47
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM87A	P0C7U9	286 aa		5.88	□□□□□ -1.47

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