RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		29.66	■■■□□ 2.34
CLN6-222	ENST00000637667	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		29.65	■■■□□ 2.34
CLN6-222	ENST00000637667	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	29.63	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		29.63	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	29.63	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	29.62	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		29.61	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	LAMC1	P11047	1609 aa		29.61	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	MYOM2	P54296	1465 aa		29.61	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		29.6	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		29.59	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		29.58	■■■□□ 2.33
CLN6-222	ENST00000637667	HRC	P23327	699 aa		29.57	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		29.57	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	AFF2	P51816	1311 aa		29.56	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	SIRT1	Q96EB6	747 aa		29.56	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	29.54	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		29.54	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	NUTM2F	A1L443	756 aa		29.53	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	C8orf37	Q96NL8	207 aa		29.53	■■■□□ 2.32
CLN6-222	ENST00000637667	RXRB	P28702	533 aa		29.51	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	FOXO3	O43524	673 aa		29.49	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	ADAMTS2	O95450	1211 aa		29.49	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	PXDN	Q92626	1479 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	29.46	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	NGLY1	Q96IV0	654 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	PRAM1	Q96QH2	718 aa		29.45	■■■□□ 2.31
CLN6-222	ENST00000637667	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		29.42	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	29.42	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	29.42	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	29.42	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	STAC3	Q96MF2	364 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	POGK	Q9P215	609 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	DLC1	Q96QB1	1528 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	ADGRB1	O14514	1584 aa		29.39	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	29.39	■■■□□ 2.3
CLN6-222	ENST00000637667	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	29.38	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		29.35	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	KIF1A	Q12756	1690 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	29.34	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	USP21	Q9UK80	565 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		29.33	■■■□□ 2.29
CLN6-222	ENST00000637667	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	29.31	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	RGS12	O14924	1447 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	29.29	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		29.28	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	ADGRB2	O60241	1585 aa		29.27	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	PSME1	Q06323	249 aa		29.27	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	29.27	■■■□□ 2.28
CLN6-222	ENST00000637667	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	ATRN	O75882	1429 aa		29.25	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	29.24	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		29.24	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	SBNO1	A3KN83	1393 aa		29.23	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		29.22	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	29.22	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		29.22	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	USP32	Q8NFA0	1604 aa		29.2	■■■□□ 2.27
CLN6-222	ENST00000637667	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	29.2	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		29.2	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF10	O15013	1369 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	29.17	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		29.16	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CLN6-222	ENST00000637667	PLEKHG5	O94827	1062 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	SLIT2	O94813	1529 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	29.12	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	29.11	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		29.1	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
CLN6-222	ENST00000637667	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	29.06	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	29.06	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	ATP7B	P35670	1465 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	29.04	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	CDK19	Q9BWU1	502 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CLN6-222	ENST00000637667	ABCA3	Q99758	1704 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	FAM83G	A6ND36	823 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	VPS72	Q15906	364 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	28.99	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	GLI3	P10071	1580 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	ALS2	Q96Q42	1657 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	ITSN1	Q15811	1721 aa		28.95	■■■□□ 2.23
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	28.95	■■■□□ 2.22
CLN6-222	ENST00000637667	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	28.94	■■■□□ 2.22
CLN6-222	ENST00000637667	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CLN6-222	ENST00000637667	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		28.94	■■■□□ 2.22

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.2 ms