RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	CCW14	O13547	238 aa		3.17	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	AIM4	P38305	123 aa	Predicted RBP	3.17	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YHR022C	P38763	256 aa		3.17	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	UTP20	P35194	2493 aa	Known RBP	3.17	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	PIR5	P46999	287 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YNL046W	P53956	172 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YDR114C	Q04597	100 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YOR268C	Q08734	132 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	MIC10	Q96VH5	97 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	CSF1	Q12150	2958 aa		3.16	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YLR156W	P0CE96	114 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YLR159W	P0CE97	114 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YLR161W	P0CE98	114 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	SPS100	P13130	326 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YKR073C	P36153	106 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	IMP2	P46972	177 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	ERI1	P62651	68 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	ICY1	Q04329	127 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	YDL009C	Q12210	107 aa		3.15	□□□□□ -1.9
VHS3	YOR054C	REE1	P40893	198 aa		3.15	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	KEG1	P43614	200 aa		3.15	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	ATP20	Q12233	115 aa		3.15	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RPL15A	P05748	204 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YHR214C-D	P0CX93	97 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	SPT4	P32914	102 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	SHU1	P38751	150 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	KRE9	P39005	276 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	PEX17	P40155	199 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	MIG3	P39943	394 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	GAT4	P40569	121 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YFL015C	P43578	164 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	ICS3	P47034	131 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	PGU1	P47180	361 aa		3.14	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	FAS1	P07149	2051 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YBL081W	P38180	368 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	EDC1	P53080	175 aa	Predicted RBP	3.13	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	IRC21	Q04772	201 aa		3.13	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YBR056W-A	I2HB52	66 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RPL16A	P26784	199 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RRT1	P38192	103 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YMR295C	Q03559	197 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YOR034C-A	Q3E735	80 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YKR045C	P36138	183 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	ARC15	P40518	154 aa	RIP-Chip data	3.12	□□□□□ -1.91	not detected
VHS3	YOR054C	YJR146W	P47174	117 aa		3.12	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YJL027C	P47063	138 aa	Predicted RBP	3.11	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YNL234W	P53857	426 aa		3.11	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	SMD1	Q02260	146 aa	Predicted RBP	3.11	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	SRL1	Q08673	210 aa		3.11	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YOR381W-A	Q3E804	55 aa		3.11	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YAL065C	O13511	128 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RSM18	P40033	138 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YDR274C	P87283	123 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YOR376W-A	Q3E805	51 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YJR107C-A	P0CT86	78 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YGL260W	P53056	76 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RGM1	Q00453	211 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YLR162W	Q06235	118 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YOL160W	Q08321	113 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YGR121W-A	Q3E816	71 aa		3.1	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	QCR8	P08525	94 aa		3.09	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YIL086C	P40503	102 aa		3.09	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	3.09	□□□□□ -1.91
VHS3	YOR054C	YCL042W	P25572	119 aa		3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YER084W	P40057	128 aa		3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YGL034C	P53186	121 aa		3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	SPG4	Q04438	115 aa		3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YOR314W	Q12506	109 aa		3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	NOP10	Q6Q547	58 aa	Predicted RBP	3.09	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	HHF1	P02309	103 aa	Known RBP	3.08	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RPB9	P27999	122 aa		3.08	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YOR032W-A	Q8TGS1	66 aa		3.08	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YER175W-A	Q8TGU4	54 aa		3.08	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YLR236C	A0A023PZG4	107 aa		3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RNH203	Q12338	110 aa		3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YFR035C	P43608	114 aa		3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RPL38	P49167	78 aa	Known RBP	3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YGR025W	P53216	100 aa		3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YOL085C	Q99345	113 aa		3.07	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RPL36B	O14455	100 aa	Known RBP	3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RPL36A	P05745	100 aa	Predicted RBP	3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YHL005C	P38752	130 aa		3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YGL088W	P53151	121 aa		3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YBR200W-A	Q3E755	54 aa		3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YMR105W-A	Q8TGS8	64 aa		3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	BPH1	P25356	2167 aa		3.06	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YBR144C	P34215	104 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YEL008W	P40001	126 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	MPC3	P53311	146 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	ATP18	P81450	59 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	CRC1	Q12289	327 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YDR182W-A	Q3E796	67 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YOL166W-A	Q8TGJ1	51 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	MRPL39	P36533	70 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YGR035W-A	Q45U48	73 aa		3.05	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	RPL39	P04650	51 aa		3.04	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YIR020C	P40575	100 aa		3.04	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YMR122C	Q03879	124 aa		3.04	□□□□□ -1.92
VHS3	YOR054C	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		3.04	□□□□□ -1.92

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 28.5 ms