RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000576241.1

CCDC40-216, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 2

Gene CCDC40, Length 714 nt, Biotype retained intron.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-216ENST00000576241 WNT6Q9Y6F9 365 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 ATP8B3O60423 1300 aa14.59□□□□□ -0.07
CCDC40-216ENST00000576241 HRO43593 1189 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ACTN4O43707 911 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 FOXD2O60548 495 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 MYL1P05976 194 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PFKFB1P16118 471 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 GJA4P35212 333 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PPP3CCP48454 512 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CASP4P49662 377 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 LIMK1P53667 647 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NOP14P78316 857 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 FBXO43Q4G163 708 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 AASDHQ4L235 1098 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 WDR5BQ86VZ2 330 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 B3GALNT2Q8NCR0 500 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SPATA32Q96LK8 384 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 C8orf48Q96LL4 319 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TTLL2Q9BWV7 592 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 GZF1Q9H116 711 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 XYLT2Q9H1B5 865 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 DPEP3Q9H4B8 488 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 C2orf42Q9NWW7 574 aa14.58□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 LRRIQ3A6PVS8 624 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KLRC4O43908 158 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KCNK5O95279 499 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NFATC1O95644 943 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ABL1P00519 1130 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 EGFP01133 1207 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 P4HA1P13674 534 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TCF3P15923 654 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CMA1P23946 247 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 GALK1P51570 392 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 USP46P62068 366 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KRT85P78386 507 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 STK4Q13043 487 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SRSF5Q13243 272 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NCOA4Q13772 614 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KMT5BQ4FZB7 885 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF667Q5HYK9 610 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TDRD10Q5VZ19 366 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KIAA0895Q8NCT3 520 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PARD3BQ8TEW8 1205 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CCDC47Q96A33 483 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CHFRQ96EP1 664 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SLITRK1Q96PX8 696 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TMEM121BQ9BXQ6 578 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF518BQ9C0D4 1074 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SMYD3Q9H7B4 428 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 VRTNQ9H8Y1 702 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 RXFP3Q9NSD7 469 aa14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KIF26AQ9ULI4 1882 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ASH1LQ9NR48 2969 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SDK1Q7Z5N4 2213 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 A0A1B0GVL5 298 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF840PA6NDX5 716 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 RNF40O75150 1001 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KIF20AO95235 890 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NR3C1P04150 777 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CLDN10P78369 228 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 IFRD2Q12894 506 aaPredicted RBP14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SF3A2Q15428 464 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 EML3Q32P44 896 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PKN3Q6P5Z2 889 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SLC9A9Q8IVB4 645 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PDZD8Q8NEN9 1154 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PLEKHO2Q8TD55 490 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CD101Q93033 1021 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TNIP3Q96KP6 325 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 MED10Q9BTT4 135 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 B3GNT5Q9BYG0 378 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 DMAC2Q9NW81 257 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NME7Q9Y5B8 376 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 GREB1Q4ZG55 1949 aa14.56□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 WDFY3Q8IZQ1 3526 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 AKAP13Q12802 2813 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CCDC163A0A0D9SF12 145 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 LEFTY2O00292 366 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CLDN5O00501 218 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 PDXKO00764 312 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 RTN3O95197 1032 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SPINK2P20155 84 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SYKP43405 635 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CACNA2D1P54289 1103 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SLC7A9P82251 487 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TAF10Q12962 218 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CEP135Q66GS9 1140 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NAIF1Q69YI7 327 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 NUP93Q8N1F7 819 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 CCDC26Q8TAB7 109 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TMEM174Q8WUU8 243 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 ACDQ96AP0 544 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 KCTD10Q9H3F6 313 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 FBRSL1Q9HCM7 1045 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 FRMD4BQ9Y2L6 1034 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 OBSL1O75147 1896 aa14.55□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TMEM8BA6NDV4 472 aa14.54□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 TAF4O00268 1085 aa14.54□□□□□ -0.08
CCDC40-216ENST00000576241 SLC9A3R1O14745 358 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.5 ms