RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CLCNKB	P51801	687 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ZNF131	P52739	623 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	NCKAP1L	P55160	1127 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP8	P85298	464 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	LMNB2	Q03252	620 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ADCY1	Q08828	1119 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	DPYD	Q12882	1025 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	FZD5	Q13467	585 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	RAB33A	Q14088	237 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	KCNB1	Q14721	858 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	NAB2	Q15742	525 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	UVSSA	Q2YD98	709 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	SASS6	Q6UVJ0	657 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	HVCN1	Q96D96	273 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	BORCS6	Q96GS4	357 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	NELL2	Q99435	816 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	RTKN	Q9BST9	563 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	MRPL4	Q9BYD3	311 aa	Known RBP	9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	BRD9	Q9H8M2	597 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	SLC39A2	Q9NP94	309 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	OLFML3	Q9NRN5	406 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TBX20	Q9UMR3	447 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PCDHA5	Q9Y5H7	936 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ZMYM2	Q9UBW7	1377 aa		9.45	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	SCN1A	P35498	2009 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	SHISA7	A6NL88	538 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	N4BP3	O15049	544 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D4	O60343	1298 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ECI2	O75521	394 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	B3GAT3	O94766	335 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	LRG1	P02750	347 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	EDN1	P05305	212 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PTPN2	P17706	415 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	FGFR3	P22607	806 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	BRCC3	P46736	316 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	RPS9	P46781	194 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	GDF10	P55107	478 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ARPP19	P56211	112 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	GTF2B	Q00403	316 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	MAPK7	Q13164	816 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TLR1	Q15399	786 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	FAM187B	Q17R55	369 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CCDC183	Q5T5S1	534 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	EEF1DP3	Q658K8	133 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ISM2	Q6H9L7	571 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	SLFN12L	Q6IEE8	588 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PDXDC1	Q6P996	788 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	DAW1	Q8N136	415 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TMEM161B	Q8NDZ6	487 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	GPT2	Q8TD30	523 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	BSND	Q8WZ55	320 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	NELL1	Q92832	810 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TCEAL4	Q96EI5	215 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CORO1B	Q9BR76	489 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	KIFC3	Q9BVG8	833 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	FZD8	Q9H461	694 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TIMMDC1	Q9NPL8	285 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	MTRR	Q9UBK8	725 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	RAB23	Q9ULC3	237 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PI4KA	P42356	2102 aa		9.44	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ABCA7	Q8IZY2	2146 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC1	Q9H1A4	1944 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTS9	Q9P2N4	1935 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	LOC105378220	A0A1B0GUY1	285 aa	Predicted RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	FRMD3	A2A2Y4	597 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PRRG1	O14668	218 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPDL	O14979	420 aa	Known RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	EIF3D	O15371	548 aa	Known RBP eCLIP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CLDN3	O15551	220 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	RHOBTB3	O94955	611 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ELF1	P32519	619 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	NFKBIB	Q15653	356 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	KYAT1	Q16773	422 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ST3GAL2	Q16842	350 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ZC2HC1C	Q53FD0	456 aa	Predicted RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	PPM1J	Q5JR12	505 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ZNF658	Q5TYW1	1059 aa	Predicted RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	HS2ST1	Q7LGA3	356 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	TRIML1	Q8N9V2	468 aa		9.43	□□□□□ -0.9
USP4-213	ENST00000488520	C3orf58	Q8NDZ4	430 aa		9.43	□□□□□ -0.9

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