RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	POS5	Q06892	414 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SEC11	P15367	167 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YHR173C	P38864	112 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YLR281C	Q05863	155 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SOR2	Q07786	357 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HEM13	P11353	328 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SLM6	P38343	150 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	GWT1	P47026	490 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	BNA1	P47096	177 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SNA2	P56508	79 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NMA1	Q06178	401 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MATALPHA1	P0CY06	175 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HMLALPHA1	P0CY07	175 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	TAX4	P47030	604 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL23A	P0CX41	137 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL23B	P0CX42	137 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SFT2	P38166	215 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HEM14	P40012	539 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YMR321C	Q04898	105 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SUT2	Q12286	268 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YOR032W-A	Q8TGS1	66 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SIM1	P40472	476 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	KNH1	P50112	268 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPL034W	Q03083	165 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PIR1	Q03178	341 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PUS5	Q06244	254 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	TY3B-G	Q99315	1547 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	IML1	P47170	1584 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPL31	P14063	131 aa	Predicted RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPL9	P31334	269 aa		2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NTF2	P33331	125 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	PAL1	Q05518	499 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	POC4	Q12245	148 aa	Predicted RBP	2.42	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL18A	P0CX49	186 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	RPL18B	P0CX50	186 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YFL068W	P0CX99	160 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YLL066W-A	P0CY00	160 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YLL067W-A	P0CY01	160 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MTR2	P34232	184 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SNU13	P39990	126 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	DIF1	O13577	133 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SWS2	P53937	143 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPS16	Q02608	121 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MRPS8	Q03799	155 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	Q0182	Q9ZZW1	134 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	MTC7	P32633	139 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	CRH1	P53301	507 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YLR111W	Q12528	110 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	KTI11	Q3E840	82 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	BGL2	P15703	313 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SCM4	P32564	187 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SRX1	P36077	127 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	Q0032	Q9ZZX7	96 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ERF2	Q06551	359 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YGL258W-A	Q3E740	77 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	GLE2	P40066	365 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YIL163C	P40448	117 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	FIP1	P45976	327 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NUP42	P49686	430 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YGR045C	P53229	120 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	GPI19	Q04082	140 aa		2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	LSM6	Q06406	86 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	NCE102	Q12207	173 aa	RIP-Chip data	2.41	□□□□□ -2.02	not detected
TOM1	YDR457W	MCT1	Q12283	360 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YKL183C-A	Q3E765	70 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	HPF1	Q05164	967 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPR063C	Q12160	140 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YBR182C-A	Q8TGU6	64 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	ATG2	P53855	1592 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	SOD1	P00445	154 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	UTH1	P36135	365 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YFL065C	P43539	102 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	POP3	P53833	195 aa	Predicted RBP	2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	YPR203W	Q08994	102 aa		2.4	□□□□□ -2.02
TOM1	YDR457W	UBC5	P15732	148 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	MBR1	P23493	339 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YKL044W	P36092	106 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	TOS1	P38288	455 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	DMA2	P53924	522 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	IZH3	Q07959	543 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	SWD3	P38123	315 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	SPR6	Q01684	191 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YDL218W	Q07629	317 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	HUG1	Q6Q5K6	68 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	NCE101	Q02820	53 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YLR194C	Q05777	254 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	DGA1	Q08650	418 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YLR412C-A	Q3E742	68 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	BCK1	Q01389	1478 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	TRP1	P00912	224 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	TOS8	P53147	276 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	ALG13	P53178	202 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	PIR3	Q03180	325 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YRA1	Q12159	226 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	YPR071W	Q12346	211 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	OST2	P46964	130 aa		2.4	□□□□□ -2.03
TOM1	YDR457W	DFG5	Q05031	458 aa		2.4	□□□□□ -2.03

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