RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	TLDC1	Q6P9B6	456 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DSTYK	Q6XUX3	929 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	OTOA	Q7RTW8	1153 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM42	Q8IWZ5	723 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RIBC1	Q8N443	379 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MCEE	Q96PE7	176 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PAFAH2	Q99487	392 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PIDD1	Q9HB75	910 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DNPEP	Q9ULA0	475 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	USP20	Q9Y2K6	914 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MTO1	Q9Y2Z2	717 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	HNRNPCL1	O60812	293 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R11	O60927	126 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLC1A1	P43005	524 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DSG1	Q02413	1049 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLC1A5	Q15758	541 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TMCO4	Q5TGY1	634 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MFSD5	Q6N075	450 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RFWD3	Q6PCD5	774 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DCAF4	Q8WV16	495 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	INPP5D	Q92835	1189 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	LRGUK	Q96M69	825 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	OLFM3	Q96PB7	478 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM56	Q9BRZ2	755 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	WWP1	Q9H0M0	922 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SIX2	Q9NPC8	291 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	OLFML3	Q9NRN5	406 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PSMG1	O95456	288 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TFAM	Q00059	246 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CYTH1	Q15438	398 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MTERF2	Q49AM1	385 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R15B	Q5SWA1	713 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FAXC	Q5TGI0	409 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLC51A	Q86UW1	340 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TRIML2	Q8N7C3	387 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ICA1L	Q8NDH6	482 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SAE1	Q9UBE0	346 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	STARD13	Q9Y3M8	1113 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SEC23IP	Q9Y6Y8	1000 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NDC80	O14777	642 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLITRK3	O94933	977 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB33	Q86T24	672 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SCUBE1	Q8IWY4	988 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	POU5F2	Q8N7G0	328 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FBXO36	Q8NEA4	188 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF184	Q99676	751 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SYT15	Q9BQS2	421 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	LRMDA	Q9H2I8	198 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ADAM7	Q9H2U9	754 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PCMTD2	Q9NV79	361 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	XPO7	Q9UIA9	1087 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM49D1	C9J1S8	452 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CST8	O60676	142 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	AR	P10275	920 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CHI3L2	Q15782	390 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MAP3K21	Q5TCX8	1036 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	RSPH3	Q86UC2	560 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SUPV3L1	Q8IYB8	786 aa	Known RBP eCLIP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CNKSR1	Q969H4	720 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PPWD1	Q96BP3	646 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ANKRD27	Q96NW4	1050 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SMYD2	Q9NRG4	433 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SLIT3	O75094	1523 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	MEI4	A8MW99	385 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DKC1	O60832	514 aa	Known RBP eCLIP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PEX11A	O75192	247 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SERPINB2	P05120	415 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PYGB	P11216	843 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SH3BGR	P55822	239 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CENPC	Q03188	943 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FASTKD3	Q14CZ7	662 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	EGFL6	Q8IUX8	553 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	GALNT4	Q8N4A0	578 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	DDX18	Q9NVP1	670 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	FIS1	Q9Y3D6	152 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PIK3CD	O00329	1044 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	EDF1	O60869	148 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	STK10	O94804	968 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	CCNG2	Q16589	344 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CLN3-244	ENST00000636147	PPP6R3	Q5H9R7	873 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55

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