RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493853.1

RBM39-238, Transcript of RNA binding motif protein 39, human

TSL 4

Gene RBM39, Length 567 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RBM39-238	ENST00000493853	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		11.93	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	PREX2	Q70Z35	1606 aa		11.93	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		11.92	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		11.92	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	NLRP6	P59044	892 aa		11.91	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	GGT6	Q6P531	493 aa		11.91	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		11.91	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		11.91	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		11.9	□□□□□ -0.5
RBM39-238	ENST00000493853	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		11.89	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		11.89	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		11.89	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	AGL	P35573	1532 aa		11.88	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		11.88	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		11.88	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		11.88	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	RERE	Q9P2R6	1566 aa		11.88	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	ABCA6	Q8N139	1617 aa		11.87	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	CERK	Q8TCT0	537 aa		11.87	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	TSPY4	P0CV99	314 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	TSPY10	P0CW01	314 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	MFRP	Q9BY79	579 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	ZMYM3	Q14202	1370 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		11.86	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	A2M	P01023	1474 aa		11.85	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		11.85	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	ATP7A	Q04656	1500 aa		11.84	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		11.84	□□□□□ -0.51
RBM39-238	ENST00000493853	KIF3B	O15066	747 aa		11.83	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	NCOA2	Q15596	1464 aa		11.83	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		11.82	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	MICALL2	Q8IY33	904 aa		11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	MBD5	Q9P267	1494 aa		11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		11.81	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	TIAM1	Q13009	1591 aa		11.8	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	NPAT	Q14207	1427 aa		11.8	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	11.79	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	11.79	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		11.79	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		11.78	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		11.77	□□□□□ -0.52
RBM39-238	ENST00000493853	SNPH	O15079	494 aa		11.77	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	PTPRT	O14522	1441 aa		11.77	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		11.76	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	C3	P01024	1663 aa		11.76	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.76	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	PTPRK	Q15262	1439 aa		11.74	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.74	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.73	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	MAP3K1	Q13233	1512 aa		11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	MIA2	Q96PC5	1412 aa		11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	TNR	Q92752	1358 aa		11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
RBM39-238	ENST00000493853	MROH2A	A6NES4	1674 aa		11.71	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		11.71	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	POTEM	A6NI47	508 aa		11.7	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	11.7	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	ST18	O60284	1047 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	PPP1R37	O75864	691 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	POTEG	Q6S5H5	508 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	STRC	Q7RTU9	1775 aa		11.69	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		11.68	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	TMEM92	Q6UXU6	159 aa		11.68	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		11.67	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	PLA2R1	Q13018	1463 aa		11.67	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		11.66	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.66	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	PZP	P20742	1482 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		11.65	□□□□□ -0.54
RBM39-238	ENST00000493853	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	11.65	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		11.65	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	KIF15	Q9NS87	1388 aa		11.64	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	KANK1	Q14678	1352 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		11.63	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
RBM39-238	ENST00000493853	NLRP1	Q9C000	1473 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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