RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491292.5

ERCC3-208, Transcript of ERCC excision repair 3, TFIIH core complex helicase subunit, human

TSL 2

Gene ERCC3, Length 4,018 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ERCC3-208	ENST00000491292	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		12.36	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		12.35	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	PLCB2	Q00722	1185 aa		12.34	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		12.33	□□□□□ -0.43
ERCC3-208	ENST00000491292	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	PDE3A	Q14432	1141 aa		12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	HECW1	Q76N89	1606 aa		12.33	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	PZP	P20742	1482 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	SLC24A1	O60721	1099 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	MPND	Q8N594	471 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	JPH4	Q96JJ6	628 aa		12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	RLBP1	P12271	317 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	WWC1	Q8IX03	1113 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	TESK2	Q96S53	571 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		12.31	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	12.3	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	12.3	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		12.3	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		12.29	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	12.29	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	RRP9	O43818	475 aa	Known RBP	12.29	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		12.29	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		12.28	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	CLCN1	P35523	988 aa		12.28	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	12.28	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		12.28	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	MCTP1	Q6DN14	999 aa		12.28	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	MTHFS	P49914	203 aa		12.27	□□□□□ -0.44
ERCC3-208	ENST00000491292	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	12.27	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	12.27	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	12.27	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	RUNDC1	Q96C34	613 aa		12.27	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	RNF214	Q8ND24	703 aa		12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	STK26	Q9P289	416 aa		12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	12.26	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	USP19	O94966	1318 aa		12.25	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	12.25	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	CUL7	Q14999	1698 aa		12.24	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		12.24	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	12.23	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		12.23	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	12.23	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	SSFA2	P28290	1259 aa		12.23	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	KIF3B	O15066	747 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		12.22	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		12.21	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		12.21	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	12.21	□□□□□ -0.45
ERCC3-208	ENST00000491292	KDM5C	P41229	1560 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	ARHGEF11	O15085	1522 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		12.2	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	IQGAP2	Q13576	1575 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	RIPK4	P57078	832 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	TPM2	P07951	284 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		12.19	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		12.18	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	12.18	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	ERBB4	Q15303	1308 aa		12.17	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	IFT140	Q96RY7	1462 aa		12.17	□□□□□ -0.46
ERCC3-208	ENST00000491292	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		12.17	□□□□□ -0.46

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