RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000262291.8

VMP1-201, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene VMP1, Length 2,712 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-201	ENST00000262291	NOS1	P29475	1434 aa		18.5	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	18.5	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		18.5	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	KIF1B	O60333	1816 aa		18.5	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	18.49	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	GLI2	P10070	1586 aa		18.48	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	TMC1	Q8TDI8	760 aa		18.48	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	LAMC1	P11047	1609 aa		18.47	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		18.47	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	18.46	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		18.46	■□□□□ 0.55
VMP1-201	ENST00000262291	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	18.45	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	18.45	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	18.45	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		18.44	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	IDI1	Q13907	227 aa		18.44	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		18.44	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	IQGAP1	P46940	1657 aa		18.43	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	ADGRB3	O60242	1522 aa		18.41	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	STAC3	Q96MF2	364 aa		18.41	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	18.41	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	18.41	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	18.4	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	MYOM2	P54296	1465 aa		18.39	■□□□□ 0.54
VMP1-201	ENST00000262291	SYNM	O15061	1565 aa		18.39	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	RALBP1	Q15311	655 aa		18.39	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	18.39	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	NEFL	P07196	543 aa		18.38	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	IFT172	Q9UG01	1749 aa		18.37	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	18.36	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	18.36	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		18.35	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	18.35	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		18.34	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	STK26	Q9P289	416 aa		18.34	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		18.34	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	PPL	O60437	1756 aa		18.33	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		18.33	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		18.33	■□□□□ 0.53
VMP1-201	ENST00000262291	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		18.33	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		18.33	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	PIK3C2G	O75747	1445 aa		18.32	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	NLRP13	Q86W25	1043 aa		18.32	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		18.32	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	18.31	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		18.31	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	18.31	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	CDCA8	Q53HL2	280 aa		18.3	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	ERVK-7	P63135	1459 aa		18.3	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		18.3	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	18.29	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		18.29	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		18.29	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		18.29	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	18.29	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	PIK3C2B	O00750	1634 aa		18.28	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		18.27	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		18.27	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	18.27	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		18.27	■□□□□ 0.52
VMP1-201	ENST00000262291	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	18.26	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		18.26	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	18.25	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	ADGRB1	O14514	1584 aa		18.25	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		18.25	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	18.24	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	MYOM1	P52179	1685 aa		18.24	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	18.23	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	PPP2R1A	P30153	589 aa		18.23	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	18.23	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
VMP1-201	ENST00000262291	CABP2	Q9NPB3	220 aa		18.21	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		18.21	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		18.2	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	MSH5	O43196	834 aa		18.19	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		18.19	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	18.18	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	18.18	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		18.18	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		18.18	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	AGL	P35573	1532 aa		18.17	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		18.17	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	NUDC	Q9Y266	331 aa		18.17	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	PRAM1	Q96QH2	718 aa		18.16	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		18.15	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		18.15	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	ZMYM3	Q14202	1370 aa		18.15	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	18.14	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	POGK	Q9P215	609 aa		18.14	■□□□□ 0.5
VMP1-201	ENST00000262291	RERE	Q9P2R6	1566 aa		18.14	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	18.14	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	18.14	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		18.14	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		18.13	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		18.13	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	EVC2	Q86UK5	1308 aa		18.12	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	18.12	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		18.12	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	18.12	■□□□□ 0.49
VMP1-201	ENST00000262291	SLC24A1	O60721	1099 aa		18.12	■□□□□ 0.49

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