RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556517.1

ABCD4-225, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 947 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-225	ENST00000556517	BMP8B	P34820	402 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	SCNN1G	P51170	649 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CETN1	Q12798	172 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	SHH	Q15465	462 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	DUOXA2	Q1HG44	320 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CLLU1OS	Q5K130	101 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	PARD3B	Q8TEW8	1205 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TUBGCP2	Q9BSJ2	902 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	UBQLN1	Q9UMX0	589 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	INSL6	Q9Y581	213 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	INPPL1	O15357	1258 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TLL1	O43897	1013 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	PHACTR2	O75167	634 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	SERPINC1	P01008	464 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	NFIC	P08651	508 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TRIM49	P0CI25	452 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TRIM49C	P0CI26	452 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	GTF2H1	P32780	548 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	BIRC3	Q13489	604 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MAN2A1	Q16706	1144 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	XKR4	Q5GH76	650 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	RASIP1	Q5U651	963 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	BORCS6	Q96GS4	357 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CARNS1	A5YM72	827 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	PTGES	O14684	152 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TPM3	P06753	285 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	ZNF18	P17022	549 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CYP3A5	P20815	502 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	GATM	P50440	423 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MXI1	P50539	228 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	DLG4	P78352	724 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CLDN10	P78369	228 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TUSC3	Q13454	348 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	FILIP1L	Q4L180	1135 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	IRF2BP1	Q8IU81	584 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TDH	Q8IZJ6	230 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	SLC35C1	Q96A29	364 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	UROC1	Q96N76	676 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	CASD1	Q96PB1	797 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	POP1	Q99575	1024 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	RAD9A	Q99638	391 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	IMPG2	Q9BZV3	1241 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MTMR12	Q9C0I1	747 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	INTS13	Q9NVM9	706 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		13.53	□□□□□ -0.24
ABCD4-225	ENST00000556517	MEFV	O15553	781 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	ZC3H11A	O75152	810 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	KRT19	P08727	400 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	ATP1A3	P13637	1013 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	PIK3CA	P42336	1068 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	GCLM	P48507	274 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	MYL7	Q01449	175 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TRPC3	Q13507	836 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	KRT31	Q15323	416 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	VWA3B	Q502W6	1294 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	KRT39	Q6A163	491 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	EFCAB13	Q8IY85	973 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	ZMAT2	Q96NC0	199 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	NDST4	Q9H3R1	872 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	AAAS	Q9NRG9	546 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	RNF19A	Q9NV58	838 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	DPP3	Q9NY33	737 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TUBGCP4	Q9UGJ1	667 aa		13.52	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TET1	Q8NFU7	2136 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	PTPRJ	Q12913	1337 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	ITGB3	P05106	788 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	RPL9	P32969	192 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	FMO5	P49326	533 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	WNT7B	P56706	349 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	PLCB2	Q00722	1185 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	KCNH2	Q12809	1159 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	MYO1E	Q12965	1108 aa		13.51	□□□□□ -0.25
ABCD4-225	ENST00000556517	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		13.51	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30 ms