RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		18.22	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	18.22	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	FBXW11	Q9UKB1	542 aa		18.22	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	DCHS1	Q96JQ0	3298 aa		18.22	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	PTGES	O14684	152 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	NPTXR	O95502	500 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	CFH	P08603	1231 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	HNRNPA1	P09651	372 aa	Known RBP eCLIP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	SPATA31D3	P0C874	917 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	ANKRD1	Q15327	319 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	RTP2	Q5QGT7	225 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	SPATA31D4	Q6ZUB0	917 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	ADSSL1	Q8N142	457 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	TRIM6	Q9C030	488 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	POLR3F	Q9H1D9	316 aa	Predicted RBP	18.21	■□□□□ 0.51
CLN3-255	ENST00000637100	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	18.21	■□□□□ 0.51	3e-9	■■■■■ 164.7
CLN3-255	ENST00000637100	BTBD18	B2RXH4	712 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	DTNB	O60941	627 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	STARD6	P59095	220 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RTL10	Q7L3V2	364 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	GPR152	Q8TDT2	470 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	DDX23	Q9BUQ8	820 aa	Known RBP	18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TBC1D17	Q9HA65	648 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	EP300	Q09472	2414 aa	Predicted RBP	18.2	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TADA2A	O75478	443 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	ME3	Q16798	604 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CATSPER3	Q86XQ3	398 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	GTF3C6	Q969F1	213 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	APOL6	Q9BWW8	343 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	KLK14	Q9P0G3	267 aa		18.19	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM189-UBE2V1	I3L0A0	370 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	NEMF	O60524	1076 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RPL17	P18621	184 aa	Known RBP	18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TXK	P42681	527 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	UVSSA	Q2YD98	709 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PIDD1	Q9HB75	910 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	ARHGEF3	Q9NR81	526 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PARP2	Q9UGN5	583 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	NUMBL	Q9Y6R0	609 aa		18.18	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	FANCM	Q8IYD8	2048 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	POTEM	A6NI47	508 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	ACKR2	O00590	384 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	N4BP3	O15049	544 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	KIF4A	O95239	1232 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	MYB	P10242	640 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	MUT	P22033	750 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	FSHR	P23945	695 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RAB33A	Q14088	237 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PDXDC1	Q6P996	788 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RABGGTA	Q92696	567 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	FGF14	Q92915	247 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	NACC1	Q96RE7	527 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RPP25	Q9BUL9	199 aa	Known RBP	18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CXCL16	Q9H2A7	254 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CDH7	Q9ULB5	785 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CA14	Q9ULX7	337 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	SIT1	Q9Y3P8	196 aa		18.17	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100		A0A087WWV3	80 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	MED24	O75448	989 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	LARGE1	O95461	756 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	EDN1	P05305	212 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	TH	P07101	528 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	GLUL	P15104	373 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CYP11B2	P19099	503 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	FGFR3	P22607	806 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	RPA1	P27694	616 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	PSMD5	Q16401	504 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	DCLRE1A	Q6PJP8	1040 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	GET4	Q7L5D6	327 aa	Predicted RBP	18.16	■□□□□ 0.5
CLN3-255	ENST00000637100	NECAB1	Q8N987	351 aa		18.16	■□□□□ 0.5

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