RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	ODR4	Q5SWX8	454 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NLRP7	Q8WX94	980 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SCLT1	Q96NL6	688 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TRIM9	Q9C026	710 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ADAMTS10	Q9H324	1103 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	EVPL	Q92817	2033 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MUC3A	Q02505	3323 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NR1I2	O75469	434 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	FAM13A	O94988	1023 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PLS3	P13797	630 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	LIG1	P18858	919 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MCM4	P33991	863 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ZNF131	P52739	623 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TFF2	Q03403	129 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MAPK7	Q13164	816 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DMP1	Q13316	513 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DAW1	Q8N136	415 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PARVG	Q9HBI0	331 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	GAP43	P17677	238 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PHKA2	P46019	1235 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DYM	Q7RTS9	669 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	RTN4RL1	Q86UN2	441 aa	Predicted RBP	28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ASAP3	Q8TDY4	903 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DNAJC19	Q96DA6	116 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NLRP4	Q96MN2	994 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	YME1L1	Q96TA2	773 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SEL1L	Q9UBV2	794 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	BDP1	A6H8Y1	2624 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NPHP3-ACAD11	A0A0J9YXS1	232 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379		H0YCG3	227 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ENPP3	O14638	875 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SRGAP2C	P0DJJ0	459 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ABCD1	P33897	745 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	AFM	P43652	599 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SMTN	P53814	917 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	RAD51AP2	Q09MP3	1159 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	RNF149	Q8NC42	400 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DACT1	Q9NYF0	836 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	COG5	Q9UP83	839 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	COL4A6	Q14031	1691 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TCF20	Q9UGU0	1960 aa	Known RBP	28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379		A0A087WZ62	844 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PVALEF	A0A1B0GWK0	134 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MBD3	O95983	291 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	EIF4B	P23588	611 aa	Known RBP	28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PTEN	P60484	403 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	CAPS	Q13938	189 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DEPTOR	Q8TB45	409 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	STAM	Q92783	540 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	OSMR	Q99650	979 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	GINS2	Q9Y248	185 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TTC3	P53804	2025 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MYO7A	Q13402	2215 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	FRMD3	A2A2Y4	597 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	EFNA5	P52803	228 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ASIC1	P78348	528 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	KSR1	Q8IVT5	923 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB8OS	Q8IWT0	167 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	MYCT1	Q8N699	235 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TMEM40	Q8WWA1	233 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	TMX1	Q9H3N1	280 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	IFT122	Q9HBG6	1241 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	PADI3	Q9ULW8	664 aa		28.58	■■■□□ 2.17
NME3-208	ENST00000565379	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	IDE	P14735	1019 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	PEX3	P56589	373 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	POSTN	Q15063	836 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	UNC13D	Q70J99	1090 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	BSND	Q8WZ55	320 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	KCNN1	Q92952	543 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	CCDC47	Q96A33	483 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	KMT5A	Q9NQR1	393 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	PANK4	Q9NVE7	773 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	CCDC169	A6NNP5	214 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	GPR182	O15218	404 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	28.56	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	NPTX2	P47972	431 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	EPC2	Q52LR7	807 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-208	ENST00000565379	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16

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