RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	PDIK1L	Q8N165	341 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ELMOD1	Q8N336	334 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RNF149	Q8NC42	400 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RFFL	Q8WZ73	363 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KLHL14	Q9P2G3	628 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CP	P00450	1065 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RGS2	P41220	211 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP11A	P98196	1134 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ANKRD40	Q6AI12	368 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM270	Q6UE05	265 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CALN1	Q9BXU9	219 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KCNH7	Q9NS40	1196 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	HSPBP1	Q9NZL4	362 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	UVRAG	Q9P2Y5	699 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MRC1	P22897	1456 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EMSY	Q7Z589	1322 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GNA15	P30679	374 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SDC4	P31431	198 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PSMC4	P43686	418 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DR1	Q01658	176 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	LRRC31	Q6UY01	552 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ATG4C	Q96DT6	458 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	REEP2	Q9BRK0	252 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	XPA	P23025	273 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FCGRT	P55899	365 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	YWHAG	P61981	247 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	IL9R	Q01113	521 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FBXO41	Q8TF61	875 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SEPT10	Q9P0V9	454 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KBTBD13	C9JR72	458 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZBED1	O96006	694 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	HUNK	P57058	714 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RPS6	P62753	249 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DACT2	Q5SW24	774 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CENPU	Q71F23	418 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KLC2	Q9H0B6	622 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RGL1	Q9NZL6	768 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ANAPC7	Q9UJX3	599 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PRKCE	Q02156	737 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	NR1H3	Q13133	447 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SRRM1	Q8IYB3	904 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PARVA	Q9NVD7	372 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RTN2	O75298	545 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EPHX2	P34913	555 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RHOT1	Q8IXI2	618 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CCNY	Q8ND76	341 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TTC25	Q96NG3	672 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EPB41L5	Q9HCM4	733 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	APEX2	Q9UBZ4	518 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM187A	A6NFU0	413 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	AP3B1	O00203	1094 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP2R5D	Q14738	602 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MAD1L1	Q9Y6D9	718 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TTC26	A0AVF1	554 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MYMK	A6NI61	221 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	STRN	O43815	780 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FTCD	O95954	541 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TM4SF1	P30408	202 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	PNPLA4	P41247	253 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	IRX4	P78413	519 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CYP27A1	Q02318	531 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DCAF4L1	Q3SXM0	396 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ADGRG1	Q9Y653	693 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CHRNA3	P32297	505 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GTF2H1	P32780	548 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	IQCB1	Q15051	598 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB44	Q7Z6P3	723 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ENC1	O14682	589 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	RARB	P10826	455 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	VPS41	P49754	854 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MNAT1	P51948	309 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	EXTL3	O43909	919 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	FMO5	P49326	533 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	SDCCAG8	Q86SQ7	713 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	CACNA2D3	Q8IZS8	1091 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	MRRF	Q96E11	262 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF12	Q96FN5	646 aa		12.77	□□□□□ -0.36

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