RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 SEPT9Q9UHD8 586 aaPredicted RBP8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ODF2LQ9ULJ1 636 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 A0A1W2PQJ5 194 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 POTEB3A0JP26 581 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 POTECB2RU33 542 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MAGEB2O15479 319 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 FKTNO75072 461 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 RFX1P22670 979 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 STK4Q13043 487 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 VWA3BQ502W6 1294 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ANKRD40Q6AI12 368 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 POTEBQ6S5H4 581 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 FAM178BQ8IXR5 827 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 C7orf31Q8N865 590 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 RNF169Q8NCN4 708 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TSKSQ9UJT2 592 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 DDX41Q9UJV9 622 aaKnown RBP8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 PHF20L1A8MW92 1017 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 HIP1RO75146 1068 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 GNRH1P01148 92 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 KRT9P35527 623 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 LIG4P49917 911 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 IGBP1P78318 339 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 GHRHRQ02643 423 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 DBN1Q16643 649 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 DNERQ8NFT8 737 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CEP170P1Q96L14 293 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 GBP5Q96PP8 586 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TMEM206Q9H813 350 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SLC38A10Q9HBR0 1119 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 EMILIN3Q9NT22 766 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 INTS13Q9NVM9 706 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ZNF112Q9UJU3 913 aa8.3□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 RRN3P2A6NIE6 340 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ADM5C9JUS6 153 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 PDHXO00330 501 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ADKP55263 362 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 JAG1P78504 1218 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ZBED6P86452 979 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ZBTB16Q05516 673 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 NOL9Q5SY16 702 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 FAM102BQ5T8I3 360 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 PCNX4Q63HM2 1172 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TTC16Q8NEE8 873 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 KIFAP3Q92845 792 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 C12orf42Q96LP6 360 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CCDC42Q96M95 316 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ACTR5Q9H9F9 607 aaPredicted RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MRPL44Q9H9J2 332 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SUGCTQ9HAC7 445 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 PGAP2Q9UHJ9 254 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 AKT3Q9Y243 479 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 DAAM1Q9Y4D1 1078 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CCDC151A5D8V7 595 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CARNS1A5YM72 827 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 E9PMD0 336 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MYO1CO00159 1063 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TEX33O43247 280 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CASP14P31944 242 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 DSG3P32926 999 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SHROOM1Q2M3G4 852 aaPredicted RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CATSPER3Q86XQ3 398 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CCDC170Q8IYT3 715 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SHCBP1Q8NEM2 672 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CCDC26Q8TAB7 109 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 PPP2R3CQ969Q6 453 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 JAKMIP2Q96AA8 810 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 GPRASP2Q96D09 838 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 GLT1D1Q96MS3 346 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ERGIC2Q96RQ1 377 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MIS12Q9H081 205 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SMARCAD1Q9H4L7 1026 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MMRN2Q9H8L6 949 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CAPN11Q9UMQ6 739 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TRIM49BA6NDI0 452 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 MEIS1O00470 390 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 EIF3DO15371 548 aaKnown RBP eCLIP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CIB2O75838 187 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TNNC2P02585 160 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CYP11B2P19099 503 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 NOP2P46087 812 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 APLP1P51693 650 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 HERVK_113P62684 666 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 IRX4P78413 519 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 BIRC3Q13489 604 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 CLUL1Q15846 466 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 E4F1Q66K89 784 aaPredicted RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SLFN12LQ6IEE8 588 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 OR6J1Q8NGC5 347 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SREK1Q8WXA9 508 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 ZKSCAN4Q969J2 545 aaPredicted RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 TEPSINQ96N21 525 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 RAB3IPQ96QF0 476 aaPredicted RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 YY1AP1Q9H869 796 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SDAD1Q9NVU7 687 aaKnown RBP eCLIP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 SPDYE5A6NIY4 337 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 FAM86B1E9PN63 330 aa8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 P4HBP07237 508 aaKnown RBP8.29□□□□□ -1.08
USP54-210ENST00000466048 FAM86B2P0C5J1 330 aa8.29□□□□□ -1.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 56.3 ms