RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP25.59■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 TNRQ92752 1358 aa25.55■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 PLA2R1Q13018 1463 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 A2ML1A8K2U0 1454 aa25.53■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP25.53■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP25.53■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 ARHGEF5Q12774 1597 aa25.52■■□□□ 1.68
CLN3-246ENST00000636228 KDM5DQ9BY66 1539 aa25.51■■□□□ 1.67
CLN3-246ENST00000636228 PZPP20742 1482 aa25.49■■□□□ 1.67
CLN3-246ENST00000636228 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP25.48■■□□□ 1.67
CLN3-246ENST00000636228 MYOM3Q5VTT5 1437 aa25.46■■□□□ 1.67
CLN3-246ENST00000636228 MIA2Q96PC5 1412 aa25.46■■□□□ 1.67
CLN3-246ENST00000636228 UBAP1LF5GYI3 381 aa25.45■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 MAP3K1Q13233 1512 aa25.45■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 IQSEC2Q5JU85 1478 aa25.45■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP25.44■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 DISP3Q9P2K9 1392 aa25.44■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP25.4■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 FAM135AQ9P2D6 1515 aa25.4■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 MAST1Q9Y2H9 1570 aa25.39■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 APLP2Q06481 763 aa25.39■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 ANKLE2Q86XL3 938 aa25.39■■□□□ 1.66
CLN3-246ENST00000636228 ILDR2Q71H61 639 aa25.38■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa25.37■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 ABCC3O15438 1527 aa25.37■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 NEURL4Q96JN8 1562 aa25.35■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 NLRP1Q9C000 1473 aa25.34■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 UGGT1Q9NYU2 1555 aa25.34■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP25.34■■□□□ 1.65
CLN3-246ENST00000636228 ABCC5O15440 1437 aa25.32■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 KIF15Q9NS87 1388 aa25.31■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP25.31■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.3■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 MROH1Q8NDA8 1641 aa25.3■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 ERVK-7P63135 1459 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 SHANK2Q9UPX8 1470 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 DUOX2Q9NRD8 1548 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP25.29■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 PIP4K2BP78356 416 aa25.28■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP25.28■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP25.27■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa25.27■■□□□ 1.64
CLN3-246ENST00000636228 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP25.26■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 DAPK1P53355 1430 aa25.25■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 PTPN23Q9H3S7 1636 aa25.25■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 MED14O60244 1454 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 FGD6Q6ZV73 1430 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 VWDEQ8N2E2 1590 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 CPS1P31327 1500 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 CEP152O94986 1710 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 TOM1O60784 492 aa25.21■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 ERBINQ96RT1 1412 aa25.2■■□□□ 1.63
CLN3-246ENST00000636228 HSPA1LP34931 641 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 DEPDC5O75140 1603 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 LTKP29376 864 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 TXNDC2Q86VQ3 553 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 CROCC2H7BZ55 1655 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa25.16■■□□□ 1.62
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CLN3-246ENST00000636228 SOCS7O14512 581 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-246ENST00000636228 KANK1Q14678 1352 aa25.14■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 IQGAP1P46940 1657 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 UBR1Q8IWV7 1749 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 STAG3Q9UJ98 1225 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 IDI1Q13907 227 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 EID1Q9Y6B2 187 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-246ENST00000636228 LRRC7Q96NW7 1537 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP23Q9P227 1491 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 SLIT1O75093 1534 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 STRCP1A6NGW2 1772 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 ALKQ9UM73 1620 aa25.04■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 TMEM2Q9UHN6 1383 aa25.04■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 PIK3C2BO00750 1634 aa25.02■■□□□ 1.6
CLN3-246ENST00000636228 LMTK2Q8IWU2 1503 aa25.02■■□□□ 1.6
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CLN3-246ENST00000636228 SLC26A8Q96RN1 970 aa24.98■■□□□ 1.59
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CLN3-246ENST00000636228 NOS1P29475 1434 aa24.96■■□□□ 1.59
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CLN3-246ENST00000636228 EFCAB6Q5THR3 1501 aa24.96■■□□□ 1.59
CLN3-246ENST00000636228 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
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CLN3-246ENST00000636228 BCANQ96GW7 911 aa24.92■■□□□ 1.58
CLN3-246ENST00000636228 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
CLN3-246ENST00000636228 KCNA6P17658 529 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-246ENST00000636228 ITGAEP38570 1179 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-246ENST00000636228 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP24.87■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 TMEM94Q12767 1356 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 ADGRB3O60242 1522 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP24.85■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 TET3O43151 1660 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 CHGAP10645 457 aaKnown RBP24.84■■□□□ 1.57
CLN3-246ENST00000636228 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP24.83■■□□□ 1.57
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