RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 MIA2Q96PC5 1412 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-241ENST00000635861 IQSEC2Q5JU85 1478 aa29.13■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 LTBP4Q8N2S1 1624 aa29.13■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 KIF3BO15066 747 aa29.13■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 MYOM3Q5VTT5 1437 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP29.11■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 A2ML1A8K2U0 1454 aa29.11■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 PZPP20742 1482 aa29.11■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP29.11■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP29.1■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 PKD2Q13563 968 aa29.1■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP29.1■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP29.09■■■□□ 2.25
CLN3-241ENST00000635861 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP29.06■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP29.06■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa29.05■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 TNRQ92752 1358 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa29.01■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 CROCC2H7BZ55 1655 aa29.01■■■□□ 2.24
CLN3-241ENST00000635861 NLRP1Q9C000 1473 aa28.98■■■□□ 2.23
CLN3-241ENST00000635861 DUOX2Q9NRD8 1548 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-241ENST00000635861 SHANK2Q9UPX8 1470 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-241ENST00000635861 APLP2Q06481 763 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-241ENST00000635861 PTPN23Q9H3S7 1636 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-241ENST00000635861 ABCC3O15438 1527 aa28.95■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP28.94■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 MROH1Q8NDA8 1641 aa28.94■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa28.91■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 CEP152O94986 1710 aa28.91■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 NEURL4Q96JN8 1562 aa28.9■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 UGGT1Q9NYU2 1555 aa28.9■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 DEPDC5O75140 1603 aa28.89■■■□□ 2.22
CLN3-241ENST00000635861 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP28.89■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 ERBINQ96RT1 1412 aa28.87■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP28.86■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP28.86■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP28.86■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 ABCC5O15440 1437 aa28.85■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 FGD6Q6ZV73 1430 aa28.84■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 KIF15Q9NS87 1388 aa28.84■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 ERVK-7P63135 1459 aa28.83■■■□□ 2.21
CLN3-241ENST00000635861 DAPK1P53355 1430 aa28.82■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 ANKLE2Q86XL3 938 aa28.82■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 MED14O60244 1454 aa28.82■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 CPS1P31327 1500 aa28.81■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP28.8■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa28.79■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 IQGAP1P46940 1657 aa28.78■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 UBR1Q8IWV7 1749 aa28.77■■■□□ 2.2
CLN3-241ENST00000635861 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP28.73■■■□□ 2.19
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa28.73■■■□□ 2.19
CLN3-241ENST00000635861 VWDEQ8N2E2 1590 aa28.72■■■□□ 2.19
CLN3-241ENST00000635861 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa28.71■■■□□ 2.19
CLN3-241ENST00000635861 KANK1Q14678 1352 aa28.7■■■□□ 2.18
CLN3-241ENST00000635861 UBAP1LF5GYI3 381 aa28.69■■■□□ 2.18
CLN3-241ENST00000635861 LMTK2Q8IWU2 1503 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-241ENST00000635861 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP28.68■■■□□ 2.18
CLN3-241ENST00000635861 ADGRL2O95490 1459 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-241ENST00000635861 SLIT1O75093 1534 aa28.64■■■□□ 2.18
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CLN3-241ENST00000635861 SYNMO15061 1565 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 ARHGAP23Q9P227 1491 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP28.61■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 PIK3C2BO00750 1634 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 STRCP1A6NGW2 1772 aa28.59■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP28.59■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 TOM1O60784 492 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 CHIC2Q9UKJ5 165 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-241ENST00000635861 EFCAB6Q5THR3 1501 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-241ENST00000635861 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP28.5■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 EID1Q9Y6B2 187 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 NOS1P29475 1434 aa28.49■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 TXNDC2Q86VQ3 553 aa28.49■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 LRRC7Q96NW7 1537 aa28.49■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 TMEM2Q9UHN6 1383 aa28.48■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 TET3O43151 1660 aa28.48■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 GCC2Q8IWJ2 1684 aa28.47■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 LTKP29376 864 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 STAG3Q9UJ98 1225 aa28.45■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 UNC13BO14795 1591 aa28.45■■■□□ 2.15
CLN3-241ENST00000635861 ADGRB3O60242 1522 aa28.45■■■□□ 2.14
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CLN3-241ENST00000635861 IDI1Q13907 227 aa28.43■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 SLC52A1Q9NWF4 448 aa28.43■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP28.42■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP28.42■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 PIP4K2BP78356 416 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 ROCK1Q13464 1354 aa28.4■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 ILDR2Q71H61 639 aa28.39■■■□□ 2.14
CLN3-241ENST00000635861 HSPA1LP34931 641 aa28.37■■■□□ 2.13
CLN3-241ENST00000635861 MYO5BQ9ULV0 1848 aa28.37■■■□□ 2.13
CLN3-241ENST00000635861 IQGAP3Q86VI3 1631 aa28.34■■■□□ 2.13
CLN3-241ENST00000635861 E9PCH4 1651 aa28.32■■■□□ 2.12
CLN3-241ENST00000635861 SOCS7O14512 581 aa28.32■■■□□ 2.12
CLN3-241ENST00000635861 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP28.3■■■□□ 2.12
CLN3-241ENST00000635861 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa28.3■■■□□ 2.12
CLN3-241ENST00000635861 NWD1Q149M9 1564 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-241ENST00000635861 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP28.25■■■□□ 2.11
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