RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540963.1

CHFR-218, Transcript of checkpoint with forkhead and ring finger domains, human

TSL 2

Gene CHFR, Length 875 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHFR-218	ENST00000540963	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CHFR-218	ENST00000540963	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		43.06	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		43.04	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	PZP	P20742	1482 aa		43.03	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	43.02	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	KIF3B	O15066	747 aa		43.01	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	TNR	Q92752	1358 aa		43.01	■■■■■ 4.48
CHFR-218	ENST00000540963	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		43	■■■■■ 4.47
CHFR-218	ENST00000540963	NCOA2	Q15596	1464 aa		43	■■■■■ 4.47
CHFR-218	ENST00000540963	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		42.94	■■■■■ 4.46
CHFR-218	ENST00000540963	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CHFR-218	ENST00000540963	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	42.92	■■■■■ 4.46
CHFR-218	ENST00000540963	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CHFR-218	ENST00000540963	CPS1	P31327	1500 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CHFR-218	ENST00000540963	NLRP1	Q9C000	1473 aa		42.87	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	MIA2	Q96PC5	1412 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	TSPY4	P0CV99	314 aa		42.84	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	TSPY10	P0CW01	314 aa		42.84	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		42.83	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		42.83	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	42.83	■■■■■ 4.45
CHFR-218	ENST00000540963	DEPDC5	O75140	1603 aa		42.79	■■■■■ 4.44
CHFR-218	ENST00000540963	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CHFR-218	ENST00000540963	MED14	O60244	1454 aa		42.77	■■■■■ 4.44
CHFR-218	ENST00000540963	TOM1	O60784	492 aa		42.77	■■■■■ 4.44
CHFR-218	ENST00000540963	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	42.77	■■■■■ 4.44
CHFR-218	ENST00000540963	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	42.77	■■■■■ 4.44	2e-6	■■■□□ 17.8
CHFR-218	ENST00000540963	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	42.75	■■■■■ 4.43
CHFR-218	ENST00000540963	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		42.74	■■■■■ 4.43
CHFR-218	ENST00000540963	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		42.72	■■■■■ 4.43
CHFR-218	ENST00000540963	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	42.69	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	42.69	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	ABCC3	O15438	1527 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	IQGAP1	P46940	1657 aa		42.63	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		42.63	■■■■■ 4.42
CHFR-218	ENST00000540963	HSPA1L	P34931	641 aa		42.63	■■■■■ 4.41
CHFR-218	ENST00000540963	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	42.62	■■■■■ 4.41
CHFR-218	ENST00000540963	PIP4K2B	P78356	416 aa		42.61	■■■■■ 4.41
CHFR-218	ENST00000540963	MAP3K1	Q13233	1512 aa		42.59	■■■■■ 4.41
CHFR-218	ENST00000540963	ERVK-7	P63135	1459 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CHFR-218	ENST00000540963	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	42.55	■■■■■ 4.4
CHFR-218	ENST00000540963	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		42.54	■■■■■ 4.4
CHFR-218	ENST00000540963	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		42.5	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		42.49	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	ALK	Q9UM73	1620 aa		42.49	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	SYNM	O15061	1565 aa		42.47	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	CEP152	O94986	1710 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		42.45	■■■■■ 4.39
CHFR-218	ENST00000540963	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		42.43	■■■■■ 4.38
CHFR-218	ENST00000540963	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	42.42	■■■■■ 4.38
CHFR-218	ENST00000540963	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	42.41	■■■■■ 4.38
CHFR-218	ENST00000540963	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		42.39	■■■■■ 4.38
CHFR-218	ENST00000540963	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	42.37	■■■■■ 4.37
CHFR-218	ENST00000540963	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	42.37	■■■■■ 4.37
CHFR-218	ENST00000540963	SLIT1	O75093	1534 aa		42.35	■■■■■ 4.37
CHFR-218	ENST00000540963	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		42.34	■■■■■ 4.37
CHFR-218	ENST00000540963	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		42.33	■■■■■ 4.37
CHFR-218	ENST00000540963	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		42.31	■■■■■ 4.36
CHFR-218	ENST00000540963	KIF15	Q9NS87	1388 aa		42.3	■■■■■ 4.36
CHFR-218	ENST00000540963	ABCC5	O15440	1437 aa		42.24	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		42.24	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		42.24	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	LTK	P29376	864 aa		42.23	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	42.21	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		42.2	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	EID1	Q9Y6B2	187 aa		42.2	■■■■■ 4.35
CHFR-218	ENST00000540963	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	42.19	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		42.17	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	PIK3C2B	O00750	1634 aa		42.16	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	KANK1	Q14678	1352 aa		42.15	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	42.14	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		42.14	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	DAPK1	P53355	1430 aa		42.13	■■■■■ 4.34
CHFR-218	ENST00000540963	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		42.11	■■■■■ 4.33
CHFR-218	ENST00000540963	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	42.08	■■■■■ 4.33	4e-7	■□□□□ 9.3
CHFR-218	ENST00000540963	APLP2	Q06481	763 aa		42.06	■■■■■ 4.32
CHFR-218	ENST00000540963	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		42.05	■■■■■ 4.32
CHFR-218	ENST00000540963	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		42.05	■■■■■ 4.32
CHFR-218	ENST00000540963	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		42.04	■■■■■ 4.32
CHFR-218	ENST00000540963	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		42.04	■■■■■ 4.32
CHFR-218	ENST00000540963	IDI1	Q13907	227 aa		41.99	■■■■■ 4.31
CHFR-218	ENST00000540963	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		41.99	■■■■■ 4.31
CHFR-218	ENST00000540963	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	41.98	■■■■■ 4.31
CHFR-218	ENST00000540963	TET3	O43151	1660 aa		41.96	■■■■■ 4.31
CHFR-218	ENST00000540963	NOS1	P29475	1434 aa		41.95	■■■■■ 4.31
CHFR-218	ENST00000540963	KCNA6	P17658	529 aa		41.94	■■■■■ 4.3
CHFR-218	ENST00000540963	TMEM94	Q12767	1356 aa		41.9	■■■■■ 4.3
CHFR-218	ENST00000540963	ADGRB3	O60242	1522 aa		41.9	■■■■■ 4.3
CHFR-218	ENST00000540963	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		41.88	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		41.88	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	ADGRL2	O95490	1459 aa		41.87	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	41.85	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	41.84	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	NWD1	Q149M9	1564 aa		41.84	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	41.82	■■■■■ 4.29
CHFR-218	ENST00000540963	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		41.81	■■■■■ 4.28
CHFR-218	ENST00000540963	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	41.8	■■■■■ 4.28
CHFR-218	ENST00000540963	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		41.78	■■■■■ 4.28

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