RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 TSPY4P0CV99 314 aa33.18■■■□□ 2.9
LIMS1-208ENST00000428064 TSPY10P0CW01 314 aa33.18■■■□□ 2.9
LIMS1-208ENST00000428064 PLA2R1Q13018 1463 aa33.18■■■□□ 2.9
LIMS1-208ENST00000428064 KIF3BO15066 747 aa33.16■■■□□ 2.9
LIMS1-208ENST00000428064 PZPP20742 1482 aa33.12■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP33.12■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP33.12■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP33.1■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 LTBP4Q8N2S1 1624 aa33.1■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 A2ML1A8K2U0 1454 aa33.09■■■□□ 2.89
LIMS1-208ENST00000428064 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP33.07■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP33.06■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 PKD2Q13563 968 aa33.05■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 IQSEC2Q5JU85 1478 aa33.05■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa33.04■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 CROCC2H7BZ55 1655 aa33.02■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 SHANK2Q9UPX8 1470 aa33.01■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 TNRQ92752 1358 aa33.01■■■□□ 2.88
LIMS1-208ENST00000428064 PTPN23Q9H3S7 1636 aa32.99■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 DUOX2Q9NRD8 1548 aa32.99■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 APLP2Q06481 763 aa32.99■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa32.99■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 MROH1Q8NDA8 1641 aa32.98■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC3O15438 1527 aa32.97■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 NLRP1Q9C000 1473 aa32.95■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP32.95■■■□□ 2.87
LIMS1-208ENST00000428064 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP32.94■■■□□ 2.86
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC5O15440 1437 aa32.92■■■□□ 2.86
LIMS1-208ENST00000428064 FGD6Q6ZV73 1430 aa32.92■■■□□ 2.86
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa32.91■■■□□ 2.86
LIMS1-208ENST00000428064 ERBINQ96RT1 1412 aa32.89■■■□□ 2.86
LIMS1-208ENST00000428064 NEURL4Q96JN8 1562 aa32.87■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP32.87■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 DAPK1P53355 1430 aa32.87■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 KIF15Q9NS87 1388 aa32.87■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 UGGT1Q9NYU2 1555 aa32.86■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 CEP152O94986 1710 aa32.85■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP32.84■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 ERVK-7P63135 1459 aa32.83■■■□□ 2.85
LIMS1-208ENST00000428064 DEPDC5O75140 1603 aa32.82■■■□□ 2.84
LIMS1-208ENST00000428064 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP32.79■■■□□ 2.84
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa32.77■■■□□ 2.84
LIMS1-208ENST00000428064 MED14O60244 1454 aa32.76■■■□□ 2.84
LIMS1-208ENST00000428064 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP32.76■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 ANKLE2Q86XL3 938 aa32.73■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa32.73■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa32.72■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRL2O95490 1459 aa32.7■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 CPS1P31327 1500 aa32.7■■■□□ 2.83
LIMS1-208ENST00000428064 UBR1Q8IWV7 1749 aa32.69■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 LMTK2Q8IWU2 1503 aa32.67■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 VWDEQ8N2E2 1590 aa32.67■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP32.67■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 IQGAP1P46940 1657 aa32.66■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 KANK1Q14678 1352 aa32.64■■■□□ 2.82
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP32.61■■■□□ 2.81
LIMS1-208ENST00000428064 CHIC2Q9UKJ5 165 aa32.59■■■□□ 2.81
LIMS1-208ENST00000428064 SLIT1O75093 1534 aa32.59■■■□□ 2.81
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP23Q9P227 1491 aa32.58■■■□□ 2.81
LIMS1-208ENST00000428064 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP32.57■■■□□ 2.8
LIMS1-208ENST00000428064 UBAP1LF5GYI3 381 aa32.56■■■□□ 2.8
LIMS1-208ENST00000428064 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP32.55■■■□□ 2.89e-6■□□□□ 10.7
LIMS1-208ENST00000428064 EFCAB6Q5THR3 1501 aa32.55■■■□□ 2.8
LIMS1-208ENST00000428064 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP32.54■■■□□ 2.8
LIMS1-208ENST00000428064 PIK3C2BO00750 1634 aa32.53■■■□□ 2.8
LIMS1-208ENST00000428064 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP32.51■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa32.49■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 SYNMO15061 1565 aa32.49■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 NOS1P29475 1434 aa32.47■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 STRCP1A6NGW2 1772 aa32.46■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP32.45■■■□□ 2.79
LIMS1-208ENST00000428064 DISP3Q9P2K9 1392 aa32.42■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM2Q9UHN6 1383 aa32.42■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 UNC13BO14795 1591 aa32.41■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 TOM1O60784 492 aa32.41■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 TET3O43151 1660 aa32.4■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 LTKP29376 864 aa32.4■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 TXNDC2Q86VQ3 553 aa32.39■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 ROCK1Q13464 1354 aa32.39■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRB3O60242 1522 aa32.39■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 LRRC7Q96NW7 1537 aa32.39■■■□□ 2.78
LIMS1-208ENST00000428064 EID1Q9Y6B2 187 aa32.38■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 ALKQ9UM73 1620 aa32.37■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 IDI1Q13907 227 aa32.36■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 GCC2Q8IWJ2 1684 aa32.36■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 SLC52A1Q9NWF4 448 aa32.33■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 STAG3Q9UJ98 1225 aa32.33■■■□□ 2.77
LIMS1-208ENST00000428064 IQGAP3Q86VI3 1631 aa32.27■■■□□ 2.76
LIMS1-208ENST00000428064 PIP4K2BP78356 416 aa32.26■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP32.25■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 E9PCH4 1651 aa32.23■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP32.22■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 HSPA1LP34931 641 aa32.22■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa32.2■■■□□ 2.75
LIMS1-208ENST00000428064 ILDR2Q71H61 639 aa32.19■■■□□ 2.74
LIMS1-208ENST00000428064 ZFYVE9O95405 1425 aa32.18■■■□□ 2.74
LIMS1-208ENST00000428064 MYO5BQ9ULV0 1848 aa32.18■■■□□ 2.74
LIMS1-208ENST00000428064 NWD1Q149M9 1564 aa32.16■■■□□ 2.74
LIMS1-208ENST00000428064 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP32.12■■■□□ 2.73
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa32.11■■■□□ 2.73
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